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Contamination in Low Microbial Biomass Microbiome Studies: Issues and Recommendations

机译：低微生物生物量微生物组研究中的污染：问题和建议

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Next-generation sequencing approaches in microbiome research have allowed surveys of microbial communities, their genomes, and their functions with higher sensitivity than ever before. However, this sensitivity is a double-edged sword because these tools also efficiently detect contaminant DNA and cross-contamination, which can confound the interpretation of microbiome data. Therefore, there is an urgent need to integrate key controls into microbiome research to improve the integrity of microbiome studies. Here, we review how contaminant DNA and cross-contamination arise within microbiome studies and discuss their negative impacts, especially during the analysis of low microbial biomass samples. We then identify several key measures that researchers can implement to reduce the impact of contaminant DNA and cross-contamination during microbiome research. We put forward a set of minimal experimental criteria, the 'RIDE' checklist, to improve the validity of future low microbial biomass research.
机译：微生物组研究中的下一代测序方法使得微生物群落，其基因组的调查以及比以往任何时候都更高的敏感性。然而，这种敏感性是双刃剑，因为这些工具还有效地检测污染物DNA和交叉污染，这可以混淆对微生物组数据的解释。因此，迫切需要将关键控制整合到微生物组研究中以改善微生物组研究的完整性。在这里，我们回顾了污染物DNA和交叉污染在微生物组研究中如何产生并讨论它们的负面影响，特别是在分析低微生物生物量样品期间。然后，我们确定研究人员可以实施的几个关键措施，以减少微生物组研究期间污染物DNA和交叉污染的影响。我们提出了一套最小的实验标准，“乘坐”清单，提高未来低微生物生物量研究的有效性。

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