The Pharmit backend: A computer systems approach to enabling interactive online drug discovery

Koes D. R.

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The Pharmit backend: A computer systems approach to enabling interactive online drug discovery

机译：Pharmit后端：一种计算机系统方法，可以实现互动在线药物发现

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Pharmit (http://pharmit.csb.pitt.edu) is an open-source online resource that allows users to interactively search libraries of millions of compounds as part of a structure-based drug discovery workflow. In this paper, I describe the systems-level implementation decisions made in designing Pharmit that, when combined with novel sublinear time search algorithms, allow it to screen millions of molecules in seconds. The key concepts are to maximize parallelism while minimizing intrathread communication, optimize data layout for sequential processing, and efficiently manage memory allocation. I describe how these concepts are applied to the cheminformatic data inherent to Pharmit and discuss limitations and possible future directions.

机译：Pharmit（http://pharmit.csb.pitt.edu）是一个开源在线资源，允许用户以数百万化合物的互动搜索图书馆，作为基于结构的药物发现工作流程的一部分。在本文中，我介绍了在设计药物时所做的系统级实施决策，即在与新型汇总时间搜索算法结合时，可以在几秒钟内筛选数百万分子。关键概念是最大限度地最大限度地最大限度地减少intrachread通信，优化用于顺序处理的数据布局，并有效地管理内存分配。我介绍了这些概念如何应用于药房固有的化学信息数据，并讨论限制和可能的未来方向。

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来源
《Journal of neurosurgical sciences》 |2018年第6期|共6页
作者
Koes D. R.;
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作者单位

Univ Pittsburgh Pittsburgh PA 15260 USA;

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收录信息
原文格式 PDF
正文语种 eng
中图分类头部及神经外科学;
关键词

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