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首页> 外文期刊>Genomics >High-accuracy amplification of nanogram total RNA amounts for gene profiling.
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High-accuracy amplification of nanogram total RNA amounts for gene profiling.

机译：纳克总RNA量的高精度扩增，用于基因分析。

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Microarray-based gene profiling of laser-assisted microdissected tissues or clinical biopsies is still a challenge since the amount of total RNA in such samples is limited and amplification of RNA is mandatory. Representative amplification of mRNA is highly dependent on the reverse transcription reaction, which is error prone, and on the number of amplification cycles. To improve the accuracy of RNA amplification, we optimized, combined, and tested different amplification strategies for Affymetrix oligonucleotide array hybridization. We demonstrate that different protocols differ significantly in quality of mRNA amplification. To demonstrate the accuracy and reproducibility of our optimized protocol in a clinical setting, we analyzed total RNAs from laser-assisted, microdissected cells of human prostate tissues. On the basis of these results, we recommend a standard reverse transcription reaction for small-sample-transcriptome profiling experiments as part of the Minimal Information about a Microarray Experiment (MIAME) set of standards.
机译：激光辅助显微切割组织或临床活组织检查的基于微阵列的基因谱分析仍然是一个挑战，因为此类样品中的总RNA数量有限且必须进行RNA扩增。 mRNA的代表性扩增高度依赖于容易出错的逆转录反应以及扩增循环数。为提高RNA扩增的准确性，我们优化，组合和测试了Affymetrix寡核苷酸阵列杂交的不同扩增策略。我们证明，不同的协议在mRNA扩增的质量上有显着差异。为了证明在临床环境中我们优化方案的准确性和可重复性，我们分析了来自人类前列腺组织的激光辅助，显微解剖细胞的总RNA。根据这些结果，我们建议对小样本转录组谱分析实验进行标准逆转录反应，作为有关微阵列实验（MIAME）的最低限度信息标准的一部分。

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