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Sequencing and de novo assembly of the red cusk-eel (Genypterus chilensis) transcriptome

机译：红色小鳗（Genypterus chilensis）转录组的测序和从头组装

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The red cusk-eel (Genypterus chilensis) is an endemic fish species distributed along the coasts of the Eastern South Pacific. Biological studies on this fish are scarce, and genomic information for G. chilensis is practically nonexistent Thus, transcriptome information for this species is an essential resource that will greatly enrich molecular information and benefit future studies of red cusk-eel biology. In this work, we obtained transcriptome information of G. chilensis using the Illumina platform. The RNA sequencing generated 66,307,362 and 59,925,554 paired-end reads from skeletal muscle and liver tissues, respectively. De novo assembly using the CLC Genomic Workbench version 7.0.3 produced 48,480 contigs and created a reference transcriptome with a N50 of 846 bp and average read coverage of 28.3x. By sequence similarity search for known proteins, a total of 21,272 (43.9%) contigs were annotated for their function. Out of these annotated contigs, 335% GO annotation results for biological processes, 32.6% GO annotation results for cellular components and 34.5% GO annotation results for molecular functions. This dataset represents the first transcriptomic resource for the red cusk-eel and for a member of the Ophidiimorpharia taxon. (C) 2014 Elsevier B.V. All rights reserved.
机译：红鱼（Genypterus chilensis）是一种分布在南太平洋东部沿海的特有鱼类。该鱼的生物学研究稀少，而关于G. chilensis的基因组信息几乎不存在。因此，该物种的转录组信息是必不可少的资源，它将大大丰富分子信息并有益于红cus鱼生物学的进一步研究。在这项工作中，我们使用Illumina平台获得了G. chilensis的转录组信息。 RNA测序分别从骨骼肌和肝脏组织产生了66,307,362和59,925,554配对末端读数。使用CLC Genomic Workbench版本7.0.3进行的从头组装产生了48,480个重叠群，并创建了一个参考转录组，其N50为846 bp，平均读取覆盖率为28.3x。通过序列相似性搜索已知蛋白质，总共标注了21,272（43.9％）个重叠群的功能。在这些带注释的重叠群中，有335％的GO注释结果用于生物学过程，32.6％的GO注释结果针对细胞成分和34.5％的GO注释结果针对分子功能。该数据集代表了红色cus鱼和蛇形纲分类群成员的第一个转录组学资源。 （C）2014 Elsevier B.V.保留所有权利。

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