Three distances for rapid similarity analysis of DNAsequences

Wei Chen; Yusen Zhang

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Three distances for rapid similarity analysis of DNAsequences

机译：DNA序列快速相似性分析的三个距离

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Three distances for assessing genomic similarity based on dinucleotide fre-quency in large DNA sequences is introduced. The method requires neither homologoussequences nor prior sequence alignments. The analysis centers on symmetrized dinu-cleotide frequency reflecting DNA structures related to dinucleotide stacking energies,constraints of DNA curvature. To show the utility of the method, we use these distancesto examine the similarities among the first exon-1 of the f3-globin gene for 11 differentspecies.

机译：介绍了在大DNA序列中基于二核苷酸频率评估基因组相似性的三种距离。该方法既不需要同源序列也不需要先验序列比对。该分析集中在对称的二核苷酸频率上，该频率反映了与二核苷酸堆积能量，DNA曲率的约束有关的DNA结构。为了显示该方法的实用性，我们使用这些距离来检查11种不同物种的f3-globin基因第一个外显子1之间的相似性。

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来源
《Match》 |2009年第3期|共8页
作者
Wei Chen; Yusen Zhang;
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收录信息
原文格式 PDF
正文语种 eng
中图分类化学;
关键词
dinucleotide; DNA; distances;

机译：二核苷酸;DNA;距离;

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