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The promotion of secondary structures in single-stranded DNA by drugs that bind to duplex DNA: an atomic force microscopy study

机译：结合双链体DNA的药物促进单链DNA二级结构的研究：原子力显微镜研究

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We study the behavior of single-stranded DNA (ssDNA) in the presence of well-known drugs with either an intercalating binding mode, such as daunorubicin, actinomycin D, and chloroquine, or a minor groove binding mode, such as netropsin and berenil, by atomic force microscopy (AFM). At very low salt conditions, ssDNA molecules adopt an unstructured conformation without secondary structures. We observe that under these conditions additions of drugs that bind to double-stranded DNA ( dsDNA) promote the formation of secondary structures in ssDNA. Furthermore, with an increase of concentration of the drugs, the extension as well as the thermal stabilization of these hairpins was observed.
机译：我们研究了存在插入式结合模式（如柔红霉素，放线菌素D和氯喹）或小沟结合模式（如netropsin和berenil）的著名药物存在下单链DNA（ssDNA）的行为，通过原子力显微镜（AFM）。在非常低的盐分条件下，ssDNA分子采用无结构构象而没有二级结构。我们观察到在这些条件下，与双链DNA（dsDNA）结合的药物的添加促进了ssDNA中二级结构的形成。此外，随着药物浓度的增加，观察到这些发夹的延伸以及热稳定性。

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