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GPRM: a genetic programming approach to finding common RNA secondary structure elements

机译：GPRM：一种寻找通用RNA二级结构元件的遗传程序设计方法

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RNA molecules play an important role in many biological activities. Knowing its secondary structure can help us better understand the molecule's ability to function. The methods for RNA structure determination have traditionally been implemented through biochemical, biophysical and phylogenetic analyses. As the advance of computer technology, an increasing number of computational approaches have recently been developed. They have different goals and apply various algorithms. For example, some focus on secondary structure prediction for a single sequence; some aim at finding a global alignment of multiple sequences. Some predict the structure based on free energy minimization; some make comparative sequence analyses to determine the structure. In this paper, we describe how to correctly use GPRM, a genetic programming approach to finding common secondary structure elements in a set of unaligned coregulated or homologous RNA sequences. GPRM can be accessed at http://bioinfo.cis.nctu.edu.tw/service/gprm/.
机译：RNA分子在许多生物学活动中起着重要作用。了解其二级结构可以帮助我们更好地了解分子的功能。传统上已经通过生化，生物物理和系统发育分析来实施用于RNA结构测定的方法。随着计算机技术的进步，最近已经开发了越来越多的计算方法。他们有不同的目标，并应用各种算法。例如，一些关注于单个序列的二级结构预测;一些旨在寻找多个序列的整体比对。一些人基于自由能最小化来预测结构。有些人通过比较序列分析来确定结构。在本文中，我们描述了如何正确使用GPRM，这是一种遗传编程方法，可以在一组未比对的有核或同源RNA序列中找到常见的二级结构元素。可以从http://bioinfo.cis.nctu.edu.tw/service/gprm/访问GPRM。

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