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Current Comparative Table (CCT) automates customized searches of dynamic biological databases

机译:当前的比较表(CCT)使动态生物学数据库的自定义搜索自动化

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摘要

The Current Comparative Table (CCT) software program enables working biologists to automate customized bioinformatics searches, typically of remote sequence or HMM (hidden Markov model) databases. CCT currently supports BLAST, hmmpfam and other programs useful for gene and ortholog identification. The software is web based, has a BioPerl core and can be used remotely via a browser or locally on Mac OS X or Linux machines. CCT is particularly useful to scientists who study large sets of molecules in today's evolving information landscape because it color-codes all result files by age and highlights even tiny changes in sequence or annotation. By empowering non-bioinformaticians to automate custom searches and examine current results in context at a glance, CCT allows a remote database submission in the evening to influence the next morning's bench experiment. A demonstration of CCT is available at http://orb.public.stolaf.edu/CCTdemo and the open source software is freely available from http:// sourceforge.net/projects/orb-cct.
机译:当前比较表(CCT)软件程序使工作的生物学家能够自动执行定制的生物信息学搜索,通常是远程序列数据库或HMM(隐马尔可夫模型)数据库。 CCT当前支持BLAST,hmmpfam和其他可用于基因和直系同源物鉴定的程序。该软件基于Web,具有BioPerl核心,可以通过浏览器远程使用,也可以在Mac OS X或Linux计算机上本地使用。对于在当今不断发展的信息环境中研究大量分子的科学家而言,CCT尤其有用,因为它会按年龄对所有结果文件进行颜色编码,并突出显示甚至是序列或注释中的微小变化。通过使非生物信息学家能够自动执行自定义搜索并一目了然地在上下文中检查当前结果,CCT允许在晚上进行远程数据库提交,以影响第二天早上的实验。可在http://orb.public.stolaf.edu/CCTdemo上获得CCT的演示,并可从http://sourceforge.net/projects/orb-cct免费获得开放源代码软件。

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