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基于支持向量机的蛋白质与核酸相互作用在线预报方法

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本发明公开了一种基于支持向量机对蛋白质与核酸相互作用在线预报方法，该方法包括如下步骤：1.建立蛋白质序列数据集的训练样本集；2.蛋白质序列数据集转换；3.支持向量机训练生成的蛋白质特征数据集；4.需要预报蛋白质序列的读入、数据转换及蛋白质与核酸相互作用分类类型在线预报。该方法能实现对未测出是否与核酸作用的蛋白质是否与核酸作用，验证结果表明，对与rRNA、RNA、DNA作用蛋白质的10折交叉验证预报准确率分别达到93.75％、83.41％、81.85％。外部测试集验证所得模型分别有93.8％、84.2％、81.9％的预测正确率，在线预报时，用户只需在预报网页界面提供要预报的蛋白质序列，对其数据转换，完成支持向量机的训练和目标类型的预报，输出预报结果。

著录项

公开/公告号CN101630346A

专利类型发明专利
公开/公告日2010-01-20

原文格式PDF
申请/专利权人上海大学;
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申请/专利号CN200910053871.9
发明设计人袁友浪;陆文聪;刘亮;钮冰;彭淳容;
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申请日2009-06-26
分类号
代理机构上海上大专利事务所(普通合伙);
代理人陆聪明
地址 200444 上海市宝山区上大路99号
入库时间 2023-12-17 23:18:41

法律信息

法律状态公告日

法律状态信息

法律状态
2011-07-13

发明专利申请公布后的视为撤回 IPC(主分类):G06F19/00 公开日:20100120 申请日:20090626

发明专利申请公布后的视为撤回
2010-03-24

实质审查的生效

实质审查的生效
2010-01-20

公开

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