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六个鸡品种CLOCK基因遗传多态性研究

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本试验选用2个商业品种AA肉鸡和海兰褐蛋鸡;4个地方品种寿光鸡、济宁百日鸡、鲁西斗鸡和坟上芦花鸡;每个品种60个个体，共360个个体。翅静脉采血，EDTA抗凝，使用酚一氯仿法抽提基因组DNA。根据NCBI上鸡CLOCK基因的DNA序列(NC_006091)，利用Primer Primer 5.0软件设计特异性引物进行PCR扩增，将PCR扩增产物送到上海桑尼生物科技有限公司进行测序，采用DNAMAN , Chromas和R软件等软件对结果进行分析。对特异性引物扩增的PCR产物进行测序，结果发现在CLOCK基因第18外显子存在一个G/A突变，有GG,AG和AA三种基因型。其中寿光鸡的GG基因型频率最低(38%),坟上芦花鸡的GG基因型频率最高(93%);坟上芦花鸡的AG基因型频率最低(5%)，寿光鸡的AG基因型频率最高(55%);AA肉鸡的AA基因型频率最高(15%)，海兰褐蛋鸡、鲁西斗鸡和坟上芦花鸡的AA基因型频率同为最低(2%)。卡方适合性检验结果表明:汝上芦花鸡和鲁西斗鸡在该位点基因型偏离了Hardy-Weinberg平衡状态(P＜0.05)，其余4个群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05)。多态信息含量结果表明:AA肉鸡、寿光鸡、济宁百日鸡和海兰褐蛋鸡为中度多态(0.25＜PIC＜0.5),鲁西斗鸡和坟上芦花鸡为低度多态(PIC＜0.25)。本研究中6个品种鸡在此位点的多态性为中度或低度多态，说明它们的群体遗传性比较稳定。

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