首页> 中文会议>第十二届全国鸟类学术研讨会暨第十届海峡两岸鸟类学术研讨会 >褐马鸡微卫星基因组分析和微卫星分子标记开发

褐马鸡微卫星基因组分析和微卫星分子标记开发

摘要

微卫星标记由于其高突变性,是一种解决父权分析和近期(10-100代)遗传变化问题的有效手段.传统的微卫星开发利用特定的探针从文库中富集微卫星片段,新一代测序技术的发展提供了更全面有效的手段.利用褐马鸡血液DNA样品,构建了180bp的短片段库.通过然后基于Illumina Hiseq 2000平台,对文库进行双末端(Paired-End)测序,读长为100bp,共产生了50G raw data.通过过滤掉在contig序列两端的SSR序列(距离contig序列两端小于100bp),共检测出45317个SSR序列.从中随机挑选了118对微卫星序列,利用Batch Primer进行引物设计.接着在6个个体中利用这些引物进行PCR,有7对引物显示出多态.将这7对引物在24个个体中进行微卫星分析,结果显示多态性极低.这与之前的磁珠富集法筛选微卫星和线粒体序列分析结果一致.利用者7对引物在其姊妹种进行微卫星分析,结果显示出良好的多态性.

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