Contribution of Computational Tree Logic to Biological Regulatory Networks: Example from Pseudomonas Aeruginosa

机译：计算树逻辑对生物调控网络的贡献：以铜绿假单胞菌为例

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The Computational Tree Logic allows us to express some properties of genetic regulatory networks. These systems are studied using the feedback circuits evolved by Rene Thomas which constitute the semantic of our formal approach. We illustrate this formal language with the system of mucus production in pseudomonas aeruginosa, which is a mucoid bacteria that plays an important role in the cystic fibrosis. With the Thomas' theory, we could wonder if the mucoid state could be a steady state alternative to the non-mucoid state. We would like to know whether it is possible to have a recurrent mucoid state. Model-checking allows us to prove that the formula which expresses this property is satisfied by certain models. Moreover, using this formal language we can propose scenarii for confronting the model to experimentation.

机译：计算树逻辑使我们能够表达遗传调控网络的某些特性。这些系统是使用Rene Thomas所开发的反馈电路研究的，这些反馈电路构成了我们正式方法的语义。我们用铜绿假单胞菌中的粘液产生系统来说明这种正式语言，这是一种在囊性纤维化中起重要作用的粘液状细菌。根据托马斯理论，我们想知道粘液态是否可以替代非粘液态成为稳态。我们想知道是否有可能出现复发性粘液样状态。通过模型检查，我们可以证明某些模型满足表示此属性的公式。此外，使用这种正式语言，我们可以提出将模型面对实验的场景。

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来源
《First International Workshop on Computational Methods in Systems Biology CMSB 2003, Feb 24-26, 2003, Rovereto, Italy》|2003年|p.47-56|共10页
会议地点 Rovereto(IT);Rovereto(IT)
作者
Sabine Peres; Jean-Paul Comet;
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作者单位

Physiologie Mitochondriale, INSERM EMI 9929, 146, rue Leo Saignat 33076 Bordeaux cedex, France;

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会议组织
原文格式 PDF
正文语种 eng
中图分类无线电电子学、电信技术;
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