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Two-Pass Searches Using Protein-Specific Custom Databases to Determine Protein Truncation Sites

机译:使用特定于蛋白质的自定义数据库的双通搜索来确定蛋白质截断网站

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摘要

Standard database searching provides a powerful way of determining protein identity from mass spectrometry data. However, in-silicotranscription of genomic databases do not contain information about biological modifications that occur after protein translation. With current methods, truncated variants of a given protein would be falsely identified as the full form of the protein, discarding evidence of a new terminal peptide because the spectral information does not match to a sequence given by the database. The current study aims to locate previously unknown truncation sites, which normal database searching overlooks, using existing database search tools on a protein specific truncation database.
机译:标准数据库搜索提供了从质谱数据确定蛋白质标识的强大方法。然而,基因组数据库的硅朗原理分析不包含有关蛋白质翻译后发生的生物修饰的信息。利用当前方法,给定蛋白质的截短变体将被错误地识别为蛋白质的全形式,丢弃新末端肽的证据,因为光谱信息与数据库给出的序列不匹配。目前的研究旨在找到先前未知的截断站点,该网站使用蛋白质特定截断数据库上的现有数据库搜索工具俯瞰忽略的正常数据库搜索。

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