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微卫星遗传标记在牙鲆群体遗传学和人工诱导雌核发育群体遗传变异分析中的应用

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目录

第一章文献综述

1.1遗传多样性的研究及遗传标记

1.1.1遗传多样性的检测方法

1.1.2常用的DNA分子标记技术

1.2微卫星遗传标记的起源、功能、进化动力学及其分析流程

1.2.1微卫星的概念起源和分类

1.2.2微卫星的突变模型及进化动力学

1.2.3微卫星的功能

1.2.4微卫星分析的一般流程

1.2.5微卫星遗传标记的缺点

1.3微卫星遗传标记在鱼类中的应用及最新进展

1.3.1群体遗传分析

1.3.2亲子鉴定和个体识别

1.3.3遗传图谱的构建及数量性状定位

1.3.4标记辅助选育

第二章山东近海牙鲆自然和养殖群体10个STR基因座位的遗传多态性分析

2.1材料与方法

2.1.2实验材料

2.1.2实验方法

2.1.3实验数据的统计分析

2.2实验结果

2.2.1牙鲆基因组DNA的提取

2.2.2 PCR扩增结果

2.2.3遗传变异分析

2.3讨论

2.3.1牙鲆自然和养殖群体微卫星标记的多态性水平

2.3.2牙鲆自然和养殖群体杂合度的比较

2.3.3微卫星遗传标记在亲缘关系分析中的应用潜力

第三章人工诱导牙鲆异质雌核发育群体的微卫星标记分析

3.1材料与方法

3.1.1实验材料

3.1.2实验方法

3.1.3实验数据的统计分析

3.2实验结果

3.2.1初孵仔鱼基因组DNA的提取

3.2.2 PCR扩增的结果

3.2.3雌核发育群体微卫星座位的遗传变异水平及基因—着丝点的重组率

3.3讨论

3.3.1微卫星座位中的无效等位基因

3.3.2牙鲆异质雌核发育群体的遗传多样性

3.3.3牙鲆异质雌核发育群体基因—着丝点之间的重组率

第四章微卫星座位—着丝点图谱的构建和微卫星座位的连锁分析

4.1实验材料与方法

4.1.1实验材料

4.1.2实验方法

4.1.3微卫星座位与着丝点遗传距离及微卫星基因座位之间的连锁关系

4.2实验结果

4.2.1牙鲆父母本及雌核发育初孵仔鱼基因组提取

4.2.2 PCR扩增的结果

4.2.3异质雌核发育群体中微卫星座位与着丝点之间的遗传距离

4.2.4同质雌核发育群体中微卫星座位等位基因的分离和座位间的连锁

4.3讨论

4.3.1微卫星标记—着丝点的遗传图谱

4.3.2微卫星标记之间的连锁关系

4.3.3同质雌核发育样本的遗传本质与纯系的建立

参考文献

硕士期间已完成和发表的文章

致谢

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摘要

本文以微卫星遗传标记(microsatelliteDNA)为手段,对山东近海自然和养殖牙鲆Paralichthysolivaceus(T.&S.)进行了群体遗传学研究,以此为基础对人工诱导的牙鲆异质雌核发育群体的遗传变异及基因着丝点之间的重组率进行了分析。另外,通过对人工诱导的雌核发育异质和同质群体的研究构建了微卫星标记——着丝点连锁图谱,并分析了微卫星标记之间的连锁关系。主要结果如下:1、首先建立了适于牙鲆微卫星分析的方法,研究了山东近海牙鲆自然群体和一个养殖群体在10个微卫星基因座位上的遗传多样性(Po1,Po13,Po33,Po35,Po42,Po48,Po56,Po89,Po91,Po-str1),10个座位均为多态;它们的等位基因平均数(a)分别是6.7和6.1,每个基因座位有效等位基因数(ae)分别为1.8~6.8和2.5~6.7,群体平均杂合度(H)分别为0.8120和0.7310;两个群体间的遗传相似性系数、遗传距离和基因分化系数为0.8558、0.1557和0.0558;自然群体内每个座位上的多态信息含量(PIC)为0.59~0.84、个体识别率(DP)为0.54~0.86、非父排除率(PPE)为0.41~0.72,其累积个体识别率和非父排除率均达到0.9999,表明所选座位属中高识别力的遗传标记,可以将它们应用于今后牙鲆雌核发育群体的遗传变异分析以及进一步的遗传育种的研究中。 2、在人工异质雌核发育群体中,对经筛选所获得的10个基因座进行分析,Po91可能因为出现了无效等位基因而没有扩增产物,其余9个座位全都扩增出目的片段,其中2个座位(Po33和Po48)为单态,剩下7个座位表现出多态性,其多态座位比例为77.8%、平均杂合度为0.3856,明显低于自然和养殖群体。在具多态性的7个基因座位上均发生了基因—着丝点之间的重组,重组率在42.6-100%之间。结果显示通过抑制第二极体排出获得的牙鲆雌核发育群体在个体和群体水平尚具有一定的基因杂合。 3、利用20对微卫星引物对人工诱导的具有同一亲本的牙鲆异质和同质雌核发育群体进行了分析,构建了微卫星标记—着丝点遗传图谱,并分析了标记之间的连锁关系;发现,在母本具有多态性的12个座位中,kop15座位、Po42座位和Po1座位距着丝点的图距分别为15.8cM、28.9cM和32.4cM,Po13和Po89与着丝点的图距均为50cM;其余座位上距着丝点的图距也都接近于50cM。对同质雌核发育子代的研究结果显示,Po13和Po56之间、Po91和kop18之间、kop15和kop21之间的分离模式完全一致,可以判定,这些座位之间两两连锁。

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