声明
缩略说明
第一章 绪 论
1.1富营养化湿地乌梁素海
1.2乌梁素海湿地三种主要挺水植物
1.2.1 芦苇的形态、分布和应用价值
1.2.2 狭叶香蒲和藨草
1.3 挺水植物及其定植微生物对湿地环境的影响
1.3.1 对温室气体排放的影响
1.3.2 对环境的净化和修复作用
1.4植物根系微生物相关研究
1.4.1 植物根系微生物群落
1.4.2 植物根系碳氮相关功能菌群的研究
1.4.3 好氧甲烷氧化菌与氮循环
1.4.4 根相关功能菌群的活性研究
1.5宏转录组技术及应用
1.5.1 宏转录组测序与克隆子高通量测序及克隆文库方法的比较
1.5.2 宏转录组测序技术在微生物生态方面的应用
1.6 研究目的、意义及技术路线
第二章 材料与方法
2.1 研究区概况
2.2 分子生物学主要试剂及仪器
2.2.1主要试剂
2.2.2主要仪器
2.3引物
2.4 样品的采集与预处理
2.5 理化性质的测定
2.6 乌梁素海湿地沉积物及三种挺水植物根系总DNA和RNA提取
2.7 可能DNA污染检测及cDNA的合成
2.8 基于cDNA的功能基因扩增及克隆文库构建
2.9 高通量测序流程
2.10 基于cDNA的功能基因pmoA和nifH的荧光定量PCR
2.11根系细菌宏转录组测序RNA样品的准备
2.12 宏转录组测定
2.13实验数据的分析处理
第三章 乌梁素海湿地三种挺水植物根系细菌群落结构
3.1 三种挺水植物根系细菌16S rRNA高通量测序
3.2三种挺水植物根系细菌群落多样性分析
3.2.1 三种植物根系细菌ɑ多样性
3.2.2 三种植物根系细菌β多样性
3.3三种挺水植物根系细菌群落组成及系统发育分析
3.3.1 门水平细菌群落组成
3.3.2 属水平群落结构
3.3.3 功能菌群群落组成分析
3.4 讨论
3.5小结
第四章 乌梁素海三种挺水植物根系好氧甲烷氧化菌功能群落
4.1 基于三种挺水植物根系DNA和cDNA的pmoA基因的高通量测序
4.2 DNA和cDNA中pmoA基因的高通量测序结果分析
4.2.1 DNA和cDNA水平好氧甲烷氧化菌多样性比较
4.2.2 DNA和cDNA水平好氧甲烷氧化菌群落结构比较
4.2.3三种挺水植物根系活性好氧甲烷氧化菌群落结构
4.3 基于cDNA的pmoA基因荧光定量PCR
4.3.1标准曲线绘制
4.3.2基于cDNA的三种挺水植物根系pmoA基因拷贝数
4.4 讨论
4.5 小结
第五章 乌梁素海三种挺水植物根系氮循环相关活性菌群落研究
5.1.1 三种挺水植物根系总RNA提取、cDNA的合成以及目的基因nifH片段扩增
5.1.2 三种挺水植物根系活性固氮功能菌群落结构和多样性分析
5.2 nifH基因基于cDNA的荧光定量PCR
5.2.1 标准曲线绘制
5.2.2 基于cDNA的三种挺水植物根系nifH基因拷贝数
5.3在cDNA水平研究反硝化功能基因nirS和nirK
5.3.1 反硝化基因nirS的PCR扩增
5.3.2 反硝化基因nirK的PCR扩增和克隆文库
5.4讨论
5.5 小结
第六章 乌梁素海芦苇根系微生物宏转录组分析
6.1 宏转录组测序和生信分析流程
6.2宏转录组数据分析
6.3 宏转录组测序数据结果
6.3.1宏转录组测序基础数据结果
6.3.2 基因功能（GO功能）注释
6.3.3 KEGG代谢通路
6.3.4 转录组物种丰度分析
6.3.5 基于KEGG代谢通路中检测到具转录活性的关键基因分析根系活性菌群
6.4 讨论
6.5 小结
第七章 主要结论及创新点
7.1主要结论
7.2 创新之处
7.3 研究展望
参考文献
致谢
博士期间参与课题和论文发表情况
内蒙古大学;
