基于多个de novo基因组和Hi-C技术解析猪泛基因组

声明

第一章 文献综述

1.1 泛基因组的发展

1.1.1 泛基因组简介

1.1.2 微生物泛基因组

1.1.3 植物泛基因组

1.1.4 动物泛基因组

1.2 猪的品种及其遗传变异研究进展

1.2.1 猪的驯化及品种简介

1.2.2 猪的遗传变异研究进展

1.3 基因组组装及比对相关技术的发展

1.3.1 测序技术的发展

1.3.2 组装技术的发展

1.3.3 序列比对的发展

1.4 三维基因组的发展历程

1.4.1 Hi-C实验技术原理

1.4.2 Hi-C的应用

1.5 研究目的与意义

第二章材料与方法

2.1 猪泛基因组的构建

2.2 泛序列的特征分析

2.3 泛序列的存在/缺失分析

2.4 染色体免疫沉淀数据分析

2.5 雄性特异序列的鉴定

2.6 基因注释和功能富集分析

2.7 SNP检测

2.8 RNA-seq数据分析

2.9 Hi-C实验材料

2.10 Hi-C实验流程

2.11 Hi-C数据比对、过滤和互作矩阵分析

2.12 A/B染色体区室分析

2.13 TAD和拓扑边界分析

2.14 基于Hi-C的定位分析

2.15 潜在启动子与增强子互作分析

2.16 泛基因组网站的构建

第三章结果与分析

3.1 猪泛序列概况

3.2 泛序列的群体结构分析

3.3 基于Hi-C的泛序列三维结构分析

3.4 泛序列的reads比对效率分析

3.5 泛基因组数据库

第四章讨论

4.1 猪泛基因组大小的探讨

4.2 从头组装基因组在动物泛基因组中的优势

4.3 Hi-C定位策略的分析

4.4 泛基因组在基因组调控层面的应用

4.5 泛基因组有助于丰富物种群体历史研究

第五章结论

第六章展望

1. 泛基因组展示形式的发展

2. 泛基因组核心规律的总结

3. 泛基因组在现代育种与人类健康的应用

参考文献

附录

致谢

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