分子亲脂-亲水性的量子化学描述Ⅱ.氨基酸侧链的亲水指标和亲脂指标

杜奇石; 刘朋军; 孙浩; 李大鹏; 谢军民

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分子亲脂-亲水性的量子化学描述Ⅱ.氨基酸侧链的亲水指标和亲脂指标

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在启发式亲脂势HMLP (heuristic molecularlipophilicity potential)的基础上提出了分子、分子片段和原子的亲水指标和亲脂指标.计算出了20个天然氨基酸侧链的亲水、亲脂指标和亲水、亲脂表面积,并用线性自由能函数表达氨基酸侧链的溶剂化自由能,△G()sol,i=b0+b1Li+b2Hi+b3Si++b4Si-.应用线性自由能函数和氨基酸侧链的亲水和亲脂指标,计算了20个氨基酸残基的3种相转移自由能(蒸气-水、蒸气-正辛醇、正辛醇-水)和正辛醇-水分配系数logPow,取得了与实验值高度一致的良好效果.HMLP的亲水和亲脂指标是HMLP的指标化,扩展了这一方法的使用范围.氨基酸侧链的亲水、亲脂指标和线性自由能函数有望用于生物大分子受体与配体的结合自由能的估算、蛋白质的结构与功能、蛋白-蛋白相互作用和识别的研究.

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来源
《化学学报》|2006年第1期|22-26|共5页
作者
杜奇石; 刘朋军; 孙浩; 李大鹏; 谢军民;
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作者单位

海南师范大学化学系,海口,571158;

天津师范大学生物信息与药物开发研究所,天津,300074;

海南师范大学化学系,海口,571158;

天津师范大学生物信息与药物开发研究所,天津,300074;

天津师范大学生物信息与药物开发研究所,天津,300074;

天津师范大学生物信息与药物开发研究所,天津,300074;

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正文语种 chi
中图分类化学;
关键词
启发式亲脂势(HMLP); 亲脂指标; 蛋白质; 氨基酸; 生物信息学;

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