• 主题
高级搜索  >
历史搜索 清空历史
首页> 中文期刊> 《水产学杂志》 >玻璃缺鳍鲶线粒体全基因组序列测定与分析

玻璃缺鳍鲶线粒体全基因组序列测定与分析

         
页面导航
  • 摘要
  • 著录项
  • 相似文献
  • 相关主题

摘要

本文采用参照近缘物种线粒体基因组设计覆盖全基因组引物的方法构建并获得玻璃缺鳍鲶Kryptopterus vitreolus线粒体基因组全序列,分析其全序列特征和结构,为鲇形目鱼类的系统进化研究提供基础数据.结果表明,玻璃缺鳍鲶线粒体基因组全长16 662bp,碱基组成具有高AT含量的偏向性,结构组成和排列顺序和其他硬骨鱼基本一致,包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA和1个D-loop区.全基因组中除COX1以GTG为起始密码子外,其余12个编码蛋白的基因都以ATG开头.7个编码蛋白基因(ND1 、Cox1、ATP8、ATP6、ND4L、ND5和ND6)以TAA终止,其余6个编码蛋白的基因没有完整的终止密码子.对玻璃缺鳍鲶线粒体基因组D-loop区的终止序列区、中央保守区和保守序列区的结构分析,识别5个保守序列(CSB-1、CSB-2、CSB-3、CSB-D和CSB-E)和一个潜在的终止序列E-TAS.利用玻璃缺鳍鲶分别与其他4种鱼的线粒体基因组全序列及13个编码蛋白基因的核苷酸序列进行比对分析.结果表明,玻璃缺鳍鲶与南方鲇Silurus meridionalis 同源性最高,5种鱼线粒体基因组中COX1基因相对最保守,相似度为78.98％～92.78％.基于5个科12种鱼与2个外群物种的线粒体控制区(D-loop区)的核酸序列构建的系统进化树表明:玻璃缺鳍鲶独自一支且与鲇Silurus asotus和南方鲇亲缘关系最近.%Kryptopterus fishes are relatively difficultly classified according to conventional morphological taxonomy due to various kinds and similar shape,and unclear phyletic evolution in some species.To provide basic data to the classification of fishes in Siluri-formes,the complete mitochondrial genome of catfish Kryptopterus vitreolus was obtained by PCR based on 15 primers,which were designed on the basis of related species mtDNA sequences.The complete mitochondfial genome of the catfish is 16 662 bp in length,including 2 ribosomal RNA genes,22 transfer RNA genes,13 protein-coding genes,and a non-coding control region.The organization and location of genes in the mitochondrial genome of the catfish were consistent with fishes published in Gen Bank.In control region,5 CSBs (CSB-1,CSB-2,CSB-3CSB-D and CSB-E),1 potential E-TAS and 1 poly-T region were identified,and 13 protein-coding genes of 5 species were aligned by Clustal W to study the conservation between and its relative species.The protein similarity of 13 pairs of homolog genes was ranged from 55.30％ to 99.4％,and the whole genome sequence similarity ranged from 61.19％ to 89.60％.The similarity of 13 pairs of homolog protein-coding genes revealed that COX1 had more mutations,K.vitreolus being the highest similarity with catfish Silurus meridionalis.The phylogenetic analysis ofK.vitreolus from the level ofmitochondria genome based on 12 species in 5 families,combined with 2 outgroups' mitochondrial D-loop sequences,indicated that it clustered closely with catfish Silurus asotus and most similar to catfish S.rneridiondis.

著录项

  • 来源
    《水产学杂志》 |2018年第2期|12-19|共8页
  • 作者

    孙志鹏; 吴学农; 吕伟华; 匡友谊; 郑先虎; 佟广香; 孙效文; 程磊; 何立川; 曹顶臣;

  • 作者单位

    中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室,黑龙江 哈尔滨 150070;

    中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室,黑龙江 哈尔滨 150070;

    中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室,黑龙江 哈尔滨 150070;

    中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室,黑龙江 哈尔滨 150070;

    中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室,黑龙江 哈尔滨 150070;

    中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室,黑龙江 哈尔滨 150070;

    中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室,黑龙江 哈尔滨 150070;

    中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室,黑龙江 哈尔滨 150070;

    中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室,黑龙江 哈尔滨 150070;

    中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室,黑龙江 哈尔滨 150070;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 水产生物学;
  • 关键词

    玻璃缺鳍鲶; 线粒体全基因组; 序列分析;

相似文献

  • 中文文献
  • 外文文献
  • 专利
获取原文

客服邮箱：kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备：11010802029741号 ICP备案号：京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有

  • 客服微信

  • 服务号