基于生物信息学筛选与宫颈癌免疫相关的分子标志物

罗永金; 胡晓霞; 王丹; 刘珍; 张侃; 洪翠萍

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基于生物信息学筛选与宫颈癌免疫相关的分子标志物

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目的基于生物信息学方法筛选与宫颈癌免疫相关的分子标志物。方法从基因表达汇编(GEO)数据库获取24例正常宫颈组织和28例宫颈癌组织数据。从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取306例宫颈癌组织和3例正常宫颈组织数据。通过R软件ESTIMATE算法对数据集进行免疫、基质评分,分析评分与宫颈癌预后的关系。根据免疫评分筛选出差异表达基因(DEGs),并通过韦恩图显示其上调、下调情况,取两数据库所得交集。对关键基因进行GO富集分析、KEGG通路分析和基因集富集分析(GSEA)。构建蛋白质互作(PPI)网络。应用GEPIA2和UALCAN在线网站分析关键基因的表达水平并验证其与患者生存预后的关联性。结果基于TCGA数据库数据分析,高免疫评分组患者的生存情况优于低免疫评分组(log-rank检验:χ^(2)=4.400,P=0.035)。基于TCGA数据库数据,根据免疫评分高低进行筛选,共获得了1063个DEGs,其中包括640个上调基因和423个下调基因。基于GEO数据库数据共筛选出1903个DEGs,包括了1698个上调基因和205个下调基因。取两者交集最终得到7个下调基因和100个上调基因。针对该107个DEGs进行富集分析,GO富集分析提示DEGs参与了免疫调节的生物学功能。KEGG通路分析和GSEA结果提示DEGs主要富集于细胞因子受体的相互作用信号通路和细胞黏附分子通路。通过PPI网络进一步筛选到13个关键基因(节点数≥8),免疫细胞相关分析发现其与B细胞、T细胞等免疫细胞存在显著相关性(P<0.05)。生存分析结果显示,在这13个基因中,只有SELL和CXCL9与宫颈癌患者生存预后相关(P<0.05)。GEPIA2和UALCAN在线网站分析结果显示,CXCL9在宫颈癌组织中呈高表达(P<0.05)。但仅UALCAN的分析结果显示CXCL9高表达组的生存预后优于低表达组(P<0.05)。结论宫颈癌DEGs参与免疫调节过程。CXCL9在宫颈癌中高表达,与宫颈癌患者预后相关,有可能成为宫颈癌患者的潜在治疗靶标。

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来源
《中国临床新医学》|2022年第4期|325-331|共7页
作者
罗永金; 胡晓霞; 王丹; 刘珍; 张侃; 洪翠萍;
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作者单位

广西壮族自治区人民医院妇科;

广西壮族自治区人民医院神经内科;

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正文语种 chi
中图分类阴道肿瘤;
关键词
生物信息学; ESTIMATE算法; 宫颈癌; 免疫细胞; 分子标志物;

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