大豆EST序列长度与SSR特性的关系

詹少华; 盛新颖; 樊洪泓; 蔡永萍; 林毅

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大豆EST序列长度与SSR特性的关系

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为了分析大豆EST-SSR的特征和比较其不同长度EST序列中的SSR特性,从NCBI下载了大豆EST序列,应用SSRIT搜索SSR,分析了20183个无冗余的EST序列,发现了1747个EST序列(8.66%)含有SSR,长度超过400bp的EST序列含SSR的比例为10.05%,而长度在400bp以下的EST序列SSR的比例为4.74%。二核苷酸和三核苷酸SSR是大豆EST-SSR的主要类型,分别的60.45%和37.04%,最常见的SSR基元是:AT、AG、AAT、AC、AAG、ACG。在1798个EST-SSR中,51.45%的长度大于12bp,13.35%长度大于20bp。推断NCBI大豆EST数据库中含有123527个SSR,大豆EST-SSR可用于大豆分子标记,具有重要的开发价值,为有针对性设计EST-SSR引物奠定基础。

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来源
《大豆科学》 |2009年第2期|204-209|共6页
作者
詹少华; 盛新颖; 樊洪泓; 蔡永萍; 林毅;
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作者单位

皖西学院化学与生命科学系;

安徽农业大学生命科学学院;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类大豆;
关键词
大豆; 表达序列标签; EST—SSR; 序列长度; 重复基元;

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