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卵形鲳鲹基因组调研及其SSR分子标记的开发应用

         
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摘要

[目的]通过高通量测序技术调研卵形鲳鲹基因组数据并开发SSR分子标记,为卵形鲳鲹全基因组测序与组装、种质资源保护利用及良种选育提供技术支撑。[方法]通过Illumina Hiseq 2500测序平台对卵形鲳鲹基因组进行调研,采用K-mer方法对基因组大小、杂合率、G+C含量及序列重复性等进行分析,从调研数据中分析SSR的分布特征,筛选出多态性SSR位点,并对卵形鲳鲹养殖群体进行遗传多样性分析。[结果]卵形鲳鲹基因组大小为642.68 Mb,杂合率为0.31%,重复序列比例为30.19%,G+C含量为41.45%,提示卵形鲳鲹基因组为简单基因组。基因组初步组装结果显示,Contig总长度为627.23 Mb,N50、N90分别为8.21和1.71 Mb;Scalffold总长度为628.19 Mb,N50、N90分别为10.19和2.04 Mb。从卵形鲳鲹基因组调研数据中共检测出190121条SSR序列,SSR序列分布密度为295.8条/Mb。在所有SSR序列中,以二核苷酸重复基元最多(115557条),占60.78%;其次是三核苷酸重复基元(54839条),占28.84%;六核苷酸重复基元最少(1172条),占0.62%。在二核苷酸重复基元中以TG和AC的重复数较多,分别占二核苷酸重复基元总数的22.99%和21.76%。从合成的50对SSR引物中筛选获得29对多态性SSR引物,采用这29对SSR引物对卵形鲳鲹群体进行遗传多样性分析,结果发现29个SSR位点共检测到98个等位基因,其有效等位基因数(Ne)为1.3998~3.9123(平均为2.6690),期望杂合度(He)为0.2856~0.7444(平均为0.5965),多态信息含量(PIC)为0.2647~0.6968(平均为0.5195);在29个SSR位点中,高度多态性位点(PIC>0.50)有15个,其余14个为中度多态性位点(0.25

著录项

  • 来源
    《南方农业学报》 |2020年第5期|P.983-994|共12页
  • 作者

    张永德; 文露婷; 罗洪林; 林勇; 杜雪松; 余艳玲; 韦孜娜; 黄姻;

  • 作者单位

    广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室 南宁530021;

    广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室 南宁530021;

    广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室 南宁530021;

    广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室 南宁530021;

    广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室 南宁530021;

    广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室 南宁530021;

    广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室 南宁530021;

    广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室 南宁530021;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 鲳鱼;
  • 关键词

    卵形鲳鲹; 基因组; 核苷酸重复基元; SSR分子标记; 遗传多样性;

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