基于生物信息学分析筛选结肠癌关键基因

崔忠泽; 何双; 路丽祯; 吴淑华

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基于生物信息学分析筛选结肠癌关键基因

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目的鉴定可能参与结肠癌发生发展的预后相关枢纽基因和免疫相关基因。方法从TCGA数据库和GEO数据库(GSE41657、GSE74602、GSE106582和GSE110224)中下载结肠癌数据集,鉴定共同差异表达基因,并对其进行功能富集分析、预后相关基因筛选、免疫相关基因筛选、蛋白相互作用网络构建,进一步分析预后相关枢纽基因和免疫相关基因的表达量、免疫组化和功能富集。结果共筛选102个共同差异基因,其中预后相关基因15个,免疫相关基因6个,枢纽基因16个,选取预后相关枢纽基因(SLC17A4)和免疫相关基因(NR3C2、ETFDH、SCG2)作为目标基因进一步分析,发现ETFDH主要表达于细胞质,NR3C2在细胞核和细胞质中大量表达,SCG2在细胞质中有少量表达,SLC17A4主要表达于细胞膜,上述基因在癌组织中均低表达,富集分析显示其与诸多结肠癌相关功能关联,其中免疫相关基因与结肠癌免疫密切相关并总体呈正相关。结论15个预后相关基因有望作为生物标记物来预测结肠癌预后。SLC17A4在结肠癌中作为预后相关枢纽基因可能发挥重要功能,NR3C2、ETFDH、SCG2作为免疫相关预后基因可能在调控结肠癌肿瘤免疫过程中发挥着重要作用,这为探索结肠癌的分子机理提供了新的思路。

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来源
《医学信息》 |2022年第10期|1-7|共7页
作者
崔忠泽; 何双; 路丽祯; 吴淑华;
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作者单位

滨州医学院附属医院病理科;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类肠肿瘤;
关键词
结肠癌; 免疫相关基因; 预后相关基因; 功能富集;

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