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烟草橙蛋白基因的克隆与生物信息学分析

         

摘要

In order to obtain the full-length sequence of NtOR and reveal its biological function, the full-length cDNA and genomic DNA sequences of NtOR were cloned from cv. K326 using homologous cloning method, and logged in GenBank (accession numbers JN379458 and JN375578). The results of bioinformatics analysis showed that the full-length of genomic DNA and cDNA were 5027 bp and 1188 bp, encoding 317 amino acid residues. NtOR possessed 2 transmembrane domains, 1 signal peptide cleavage site, 5 glycosylation sites and 11 phosphorylation sites, and the secondary structure was mainly composed of 12 α-helices and 20β-sheets, subcellular located on plasma membrane. The phylogenetic and BLAST analyses indicated that NtOR was the orthologous gene of SlOR and ViOR. Microarray results in GENEVESTIGATOR database revealed that NtOR was expressed at the highest level in cotyledon, followed by mature leaf, young shoot and flower, rather weak in other tissues and organs.%为了获得烟草OR(NtOR)基因的全长序列和进一步揭示其在特色烟叶形成中的作用,采用同源克隆法从烟草品种K326中克隆了NtOR的全长cDNA和基因组DNA序列,GenBank登录号为JN379458和JN375578.生物信息学分析表明,NtOR基因组DNA全长5027bp,cDNA为1188 bp,编码317个氨基酸残基.NtOR蛋白具有2个跨膜域、1个信号肽剪切位点、5个糖基化位点和11个磷酸激酶修饰位点,二级结构包含12个α-螺旋和20个β-折叠,亚细胞定位于质膜上.系统进化与BLAST分析表明,NtOR是SlOR和ViOR的垂直同源基因.GENEVESTIGATOR数据库的芯片结果显示,NtOR基因在子叶中的表达量最高,其次是成熟叶片、幼茎和花,其他组织器官的表达相对较弱.

著录项

  • 来源
    《烟草科技》 |2012年第4期|60-66|共7页
  • 作者单位

    贵州省烟草科学研究所;

    贵阳市金阳区云潭北路 550081;

    西南大学农学与生物科技学院;

    重庆市北碚区天生路2号 400715;

    贵州省烟草科学研究所;

    贵阳市金阳区云潭北路 550081;

    西南大学农学与生物科技学院;

    重庆市北碚区天生路2号 400715;

    贵州省烟草科学研究所;

    贵阳市金阳区云潭北路 550081;

    贵州省烟草科学研究所;

    贵阳市金阳区云潭北路 550081;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 转化及克隆;
  • 关键词

    烟草; 橙蛋白基因; 克隆; 生物信息学;

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