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Transcriptional recording by CRISPR spacer acquisition from RNA

机译：通过从RNA进行CRISPR间隔子采集来转录记录

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摘要

The ability to record transcriptional events within a cell over time would help to elucidate how molecular events give rise to complex cellular behaviours and states. However, current molecular recording technologies capture only a small set of defined stimuli. Here we use CRISPR spacer acquisition to capture and convert intracellular RNAs into DNA, enabling DNA-based storage of transcriptional information. In Escherichia coil, we show that defined stimuli, such as an RNA virus or arbitrary sequences, as well as complex stimuli, such as oxidative stress, result in quantifiable transcriptional records that are stored within a population of cells. We demonstrate that the transcriptional records enable us to classify and describe complex cellular behaviours and to identify the precise genes that orchestrate differential cellular responses. In the future, CRISPR spacer acquisition-mediated recording of RNA followed by deep sequencing (Record-se could be used to reconstruct transcriptional histories that describe complex cell behaviours or pathological states.
机译：随时间记录细胞内转录事件的能力将有助于阐明分子事件如何引起复杂的细胞行为和状态。但是，当前的分子记录技术仅捕获一小组定义的刺激。在这里，我们使用CRISPR间隔子捕获来捕获细胞内RNA并将其转换为DNA，从而实现基于DNA的转录信息存储。在大肠埃希氏菌中，我们显示出已定义的刺激（例如RNA病毒或任意序列）以及复杂的刺激（例如氧化应激）会导致可量化的转录记录，这些记录存储在细胞群中。我们证明了转录记录使我们能够分类和描述复杂的细胞行为，并确定协调不同细胞反应的精确基因。将来，CRISPR间隔子捕获介导的RNA记录随后是深度测序（Record-se可用于重建描述复杂细胞行为或病理状态的转录历史。

著录项

  • 来源
    《Nature》 |2018年第7727期|380-385|共6页
  • 作者

    Schmidt Florian; Cherepkova Mariia Y.; Platt Randall J.;

  • 作者单位

    Swiss Fed Inst Technol, Dept Biosyst Sci & Engn, Basel, Switzerland;

    Swiss Fed Inst Technol, Dept Biosyst Sci & Engn, Basel, Switzerland;

    Swiss Fed Inst Technol, Dept Biosyst Sci & Engn, Basel, Switzerland;

  • 收录信息 美国《科学引文索引》(SCI);美国《工程索引》(EI);美国《生物学医学文摘》(MEDLINE);美国《化学文摘》(CA);
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  • 正文语种 eng
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