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首页> 外文期刊>Biomolecular engineering >Data mining of imperfect double-stranded RNA in 3 ' untranslated regions of eukaryotic mRNAs
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Data mining of imperfect double-stranded RNA in 3 ' untranslated regions of eukaryotic mRNAs

机译：真核mRNA 3'非翻译区中不完美双链RNA的数据挖掘

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Recent developments in the study of RNA silencing indicate that double-stranded RNA (dsRNA) can be used in eukaryotes to block expression of a corresponding cellular gene. There is also a large class of small non-coding RNAs having potential to form a distinct, stable stem-loop in numbers of eukaryotic genomes. We had reported that a large imperfect dsRNA structure with hundreds of base-pairs (bp) in the 3' untranslated region (3'UTR) of cytotoxic ribonuclease was correlated with the translation suppression. In this study, we search for such dsRNAs in a 3'UTR database. The occurrence rate of large dsRNA in 3'UTRs ranges from 0.01% in plant to 0.30% in vertebrate mRNAs. However, small imperfect dsRNAs of similar to 30 bp are much more prevalent than large ones. The small dsRNAs are statistically very significant and uniquely well-ordered. Most of them have the conserved structural features of pre-miRNAs. Our data mining of the dsRNAs in the 3'UTR database can be used to explore RNA-based regulation of gene expression. (C) 2007 Elsevier B.V. All rights reserved.
机译：RNA沉默研究的最新进展表明，双链RNA（dsRNA）可用于真核生物中，以阻断相应细胞基因的表达。还有一大类小的非编码RNA，它们有可能在许多真核基因组中形成独特的，稳定的茎环。我们已经报道，细胞毒性核糖核酸酶的3'非翻译区（3'UTR）中有数百个碱基对（bp）的大的不完善的dsRNA结构与翻译抑制相关。在这项研究中，我们在3'UTR数据库中搜索此类dsRNA。 3'UTR中大dsRNA的发生率范围从植物的0.01％到脊椎动物的mRNA的0.30％。然而，类似于30 bp的小不完美dsRNA比大dsRNA更普遍。小dsRNA在统计上非常重要，而且排列独特。它们中的大多数具有pre-miRNA的保守结构特征。我们在3'UTR数据库中对dsRNA的数据挖掘可用于探索基于RNA的基因表达调控。 （C）2007 Elsevier B.V.保留所有权利。

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