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首页> 外文期刊>Journal of Biomolecular Structure and Dynamics >Copper(I)-alkyl sulfide and -cysteine tri-nuclear clusters as models for metallo proteins: a structural density functional analysis.
【24h】

Copper(I)-alkyl sulfide and -cysteine tri-nuclear clusters as models for metallo proteins: a structural density functional analysis.

机译：铜（I）-烷基硫化物和-半胱氨酸三核簇作为金属蛋白的模型：结构密度泛函分析。

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After having set up the computational methodology for Cu(I)-sulfur systems as models for copper proteins, namely using the simple ligands H(2)S, HS(-), CH(3)SH, and CH(3)S(-), the Cu(I)-Cysteine systems have been investigated: [Cu(I)( S -H(2)Cys) (n) ](+) (H(2)Cys, cysteine, NH(2),SH,COOH) [Cu(I)( S -HCys) (n) ](1-) (n) (NH(2),S(-),COOH). Finally, the structures for bi-nuclear [Formula: see text] (Et, CH(2)CH(3)), [Formula: see text] and tri-nuclear [Cu(I)( S -SH)](3), [Formula: see text], [Formula: see text], [Formula: see text], [Formula: see text] (NH(2),SH,COOH), [Formula: see text] (NH(2),S(-),COOH, and NH(2),SH,COO(-)), as well as [Formula: see text] (NH(2),S(-),COO(-)), were also optimized to mimic the active center for a metallo-chaperone copper transport protein (CopZ). The X-ray structures for the biomolecules were matched fairly well as regards the Cu-S bond distances and Cu…Cu contact distances in the case the model cysteine S atom is deprotonated. Upon protonation of ligand S atoms, the conformation of clusters is altered and might bring about the di- and tri-nuclear core breakage. These findings suggest that subtle protonation/deprotonation steps, i.e. small and/or local pH changes play a significant role for copper transport processes.
机译：建立铜（I）-硫系统的计算方法作为铜蛋白的模型后，即使用简单的配体H（2）S，HS（-），CH（3）SH和CH（3）S（ -），研究了Cu（I）-半胱氨酸系统：[Cu（I）（S -H（2）Cys）（n）]（+）（H（2）Cys，半胱氨酸，NH（2）， SH，COOH）[Cu（I）（S -HCys）（n）]（1-）（n）（NH（2），S（-），COOH）。最后，双核[式：参见文本]（Et，CH（2）CH（3）），[式：参见文本]和三核[Cu（I）（S -SH）]（3 ），[公式：请参见文字]，[公式：请参见文字]，[公式：请参见文字]，[公式：请参见文字]（NH（2），SH，COOH），[公式：请参见文字]（NH（2 ），S（-），COOH和NH（2），SH，COO（-））以及[公式：请参见文字]（NH（2），S（-），COO（-））是还进行了优化，以模仿金属伴侣铜转运蛋白（CopZ）的活性中心。在模型半胱氨酸S原子去质子化的情况下，关于生物分子的X射线结构在Cu-S键距离和Cu…Cu接触距离方面相当匹配。配体S原子质子化后，簇的构象发生改变，并可能导致二核和三核核心断裂。这些发现表明，微妙的质子化/去质子化步骤，即小的和/或局部的pH变化对于铜的运输过程起着重要的作用。

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