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Phylogenetic study of SIVcpz MT145 virus based on proteome and genome analysis

机译：基于蛋白质组和基因组分析的SIVcpz MT145病毒系统发生研究

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Molecular phylogenetic studies were performed by the alignment of proteinucleotide sequences of human/simian immunodeficiency virus (HIV/SIV), followed by the construction of phylograms according to maximum likelihood method. We aimed to investigate the evolutionary relationship of the recombinant SIVcpzMT145, to other well-known SIVcpz and HIV-1 viruses. Expectedly, MT145 follows the rule of feasible recombination occurrence in SIVcpz clade as to it consists several recombinations in different genome sites including gag, Pol, and Env region. Phylograms indicated that in Pol gene, MT145 is more related to GAB1 and CAM13 SIVs; while in Env gene, it has a closed relationship to GAB2 SIV. Moreover, MT145 differs from other SIVcpzPtt strains in the Env V3 loop having the QIGPAMT motif (same as HIV-1N), instead of usual QIGPGMT motif in these strains. Data indicated that the Env proteins contain considerable amino acid sequence diversification. Overall, this study suggests that, parts of the Gag and especially Vpu/Env gene sequences of SIVcpzMT145 were derived from an unknown SIVcpz lineage ancestral to HIV-1 group M/MB66.
机译：通过比对人/猿免疫缺陷病毒（HIV / SIV）的蛋白质/核苷酸序列进行分子系统发育研究，然后根据最大似然法构建系统进化图。我们旨在研究重组SIVcpzMT145与其他众所周知的SIVcpz和HIV-1病毒的进化关系。预期地，MT145遵循SIVcpz进化枝中可行重组发生的规则，因为它包含在不同基因组位点（包括gag，Pol和Env区）的几种重组。谱图显示，在Pol基因中，MT145与GAB1和CAM13 SIV的相关性更高;而在Env基因中，它与GAB2 SIV有密切的关系。此外，MT145在具有QIGPAMT主题（与HIV-1N相同）的Env V3环中不同于其他SIVcpzPtt菌株，而不是这些菌株中常见的QIGPGMT主题。数据表明Env蛋白包含相当大的氨基酸序列多样化。总体而言，这项研究表明，SIVcpzMT145的Gag的部分序列，尤其是Vpu / Env基因序列的一部分，是源自HIV-1组M / MB66的未知SIVcpz谱系。

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