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首页> 外文期刊>Biophysical Chemistry: An International Journal Devoted to the Physical Chemistry of Biological Phenomena >Maximum-entropy calculation of free energy distributions in tRNAs
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Maximum-entropy calculation of free energy distributions in tRNAs

机译：tRNA中自由能分布的最大熵计算

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We have previously shown that the distribution function describing the probability that a biological macromolecule picked at random has a particular enthalpy value can be calculated from the temperature dependence of the heat capacity of the macromolecule. The free energy as a function of enthalpy (free energy distribution) can then be determined from the enthalpy probability distribution. In addition, the free energy distribution at an arbitrary temperature can be calculated from the free energy distribution at a reference temperature. Here we apply this approach to a family of similar macromolecules, namely a set of transfer RNAs, specifically tRNA(Phe), tRNA(Val), tRNA(Met), tRNA(Ser), tRNA(Asp) and tRNA(Ile). Using published heat-capacity data, we calculate the enthalpy probability distribution functions for all of these molecules at five different temperatures covering the range from 30 to 80 degreesC. We then use these distributions to give a reference free-energy distribution, from which the thermodynamics at any temperature can be calculated for each species. We compare the reference free-energy distribution for the five tRNAs and find that, while the overall form of the distributions is similar, the local behavior of the functions varies considerably between the species. (C) 2002 Elsevier Science B.V. All rights reserved. [References: 7]
机译：先前我们已经表明，可以根据大分子热容量的温度依赖性来计算描述随机选择的生物大分子具有特定焓值的概率的分布函数。然后，可以根据焓概率分布确定作为焓的函数的自由能（自由能分布）。另外，可以根据参考温度下的自由能分布来计算任意温度下的自由能分布。在这里，我们将这种方法应用于一系列类似的大分子，即一组转移RNA，特别是tRNA（Phe），tRNA（Val），tRNA（Met），tRNA（Ser），tRNA（Asp）和tRNA（Ile）。使用公开的热容量数据，我们计算了涵盖30至80摄氏度的五个不同温度下所有这些分子的焓概率分布函数。然后，我们使用这些分布给出参考自由能分布，从中可以计算出每个物种在任何温度下的热力学。我们比较了五个tRNA的参考自由能分布，发现虽然分布的总体形式相似，但物种之间功能的局部行为差异很大。 （C）2002 Elsevier Science B.V.保留所有权利。 [参考：7]

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