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首页> 外文期刊>Comparative and functional genomics >A phylogenomic study of the genus Alphavirus employing whole genome comparison
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A phylogenomic study of the genus Alphavirus employing whole genome comparison

机译：使用全基因组比较对Alphavirus属的系统生物学研究

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The phylogenetics of the genus Alphavirus have historically been characterized using partial gene, single gene or partial proteomic data. We have mined cDNA and amino acid sequences from GenBank for all fully sequenced and some partially sequenced alphaviruses and generated phylogenomic analyses of the genus Alphavirus genus, employing capsid encoding structural regions, non-structural coding regions and complete viral genomes. Our studies support the presence of the previously reported recombination event that produced the Western Equine Encephalitis clade, and confirm many of the patterns of geographic radiation and divergence of the multiple species. Our data suggest that the Salmon Pancreatic Disease Virus and Sleeping Disease Virus are sufficiently divergent to form a separate clade from the other alphaviruses. Also, unlike previously reported studies employing limited sequence data for correlation of phylogeny, our results indicate that the Barmah Forest Virus and Middelburg Virus appear to be members of the Semliki Forest clade. Additionally, our analysis indicates that the Southern Elephant Seal Virus is part of the Semliki Forest clade, although still phylogenetically distant from all known members of the genus Alphavirus. Finally, we demonstrate that the whole Rubella viral genome provides an ideal outgroup for phylogenomic studies of the genus Alphavirus.
机译：历史上已经使用部分基因，单个基因或部分蛋白质组学数据表征了甲病毒属的系统发育。我们已经从GenBank中提取了所有完全测序的和部分测序的α病毒的cDNA和氨基酸序列，并使用衣壳编码结构区，非结构编码区和完整的病毒基因组对Alphavirus属进行了系统生物学分析。我们的研究支持先前报道的重组事件的产生，该事件产生了西部马脑炎进化枝，并证实了多种物种的地理辐射和发散模式。我们的数据表明，鲑鱼胰腺疾病病毒和睡眠疾病病毒具有足够的分化能力，可以与其他甲型病毒形成独立的进化枝。而且，与先前报道的使用有限序列数据进行系统发育相关的研究不同，我们的结果表明，巴马森林病毒和米德尔堡病毒似乎是塞姆利基森林进化枝的成员。此外，我们的分析表明，南部象海豹病毒是Semliki森林进化枝的一部分，尽管在系统发育上与Alphavirus属的所有已知成员仍相距甚远。最后，我们证明整个风疹病毒基因组为Alphavirus属的系统生物学研究提供了理想的外群。

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