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Casposon integration shows strong target site preference and recapitulates protospacer integration by CRISPR-Cas systems

机译：Casposon整合显示出强烈的目标位点偏好，并通过CRISPR-Cas系统概括了原型间隔物的整合

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Casposons are a recently discovered group of large DNA transposons present in diverse bacterial and archaeal genomes. For integration into the host chromosome, casposons employ an endonuclease that is homologous to the Cas1 protein involved in protospacer integration by the CRISPR-Cas adaptive immune system. Here we describe the site-preference of integration by the Cas1 integrase (casposase) encoded by the casposon of the archaeon Acidulipro-fundum boonei. Oligonucleotide duplexes derived from the terminal inverted repeats (TIR) of the A. boonei casposon as well as mini-casposons flanked by the TIR inserted preferentially at a site reconstituting the original A. boonei target site. As in the A. boonei genome, the insertion was accompanied by a 15-bp direct target site duplication (TSD). The minimal functional target consisted of the 15-bp TSD segment and the adjacent 18-bp sequence which comprises the 3' end of the tRNA-Pro gene corresponding to the T psi C loop. The functional casposase target site bears clear resemblance to the leader sequence-repeat junction which is the target for protospacer integration catalyzed by the Cas1-Cas2 adaptation module of CRISPR-Cas. These findings reinforce the mechanistic similarities and evolutionary connection between the casposons and the adaptation module of the prokaryotic adaptive immunity systems.
机译：Casposons是最近发现的存在于各种细菌和古细菌基因组中的大型DNA转座子。为了整合到宿主染色体中，Casposons使用一种内切核酸酶，该酶与CRISPR-Cas自适应免疫系统参与原间隔子整合的Cas1蛋白同源。在这里，我们描述了古细菌Acidulipro-fundum boonei的casposon编码的Cas1整合酶（casposase）整合的位点偏好。衍生自Boonei casposon的末端反向重复序列（TIR）以及侧接于TIR的小型Casposons的寡核苷酸双链体，优先插入重组Boonei原始靶位点的位点。如在布氏曲霉基因组中一样，插入过程伴随着15 bp的直接靶位点重复（TSD）。最小功能靶标由15bp的TSD片段和相邻的18bp序列组成，该序列包含tRNA-Pro基因的3'端，对应于T psi C环。功能性casposase目标位点与前导序列-重复连接点相似，后者是CRISPR-Cas的Cas1-Cas2适应模块催化的原间隔子整合的目标。这些发现加强了木偶和原核适应性免疫系统的适应模块之间的机制相似性和进化联系。

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    《Nucleic Acids Research》 |2016年第21期|共10页
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