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【24h】

Visualizing Human Protein‐Protein Interactions and Subcellular Localizations on Cell Images Through CellMap

机译：通过Cellmap可视化人蛋白质 - 蛋白质 - 蛋白质相互作用和细胞图像的亚细胞局部

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Visualizing protein data remains a challenging and stimulating task. Useful and intuitive visualization tools may help advance biomolecular and medical research; unintuitive tools may bar important breakthroughs. This protocol describes two use casesfor the CellMap (http://cellmap.protein.properties) web tool. The tool allows researchers to visualize human protein‐protein interaction data constrained by protein subcellular localizations. In the simplest form, proteins are visualized on cell imagesthat also show protein‐protein interactions (PPIs) through lines (edges) connecting the proteins across the compartments. At a glance, this simultaneously highlights spatial constraints that proteins are subject to in their physical environment and visualizes PPIs against these localizations. Visualizing two realities helps in decluttering the protein interaction visualization from “hairball” phenomena that arise when single proteins or groups thereof interact with hundreds of partners.
机译：可视化蛋白质数据仍然是一个具有挑战性和刺激的任务。有用和直观的可视化工具可以帮助推进生物分子和医学研究;无需工具可能会禁止重要突破。此协议描述了用于CellMap（http://cellmap.protein.properties）web工具的两个用例。该工具允许研究人员可视化受蛋白质亚细胞局部化限制的人蛋白质 - 蛋白质相互作用数据。在最简单的形式中，蛋白质在细胞Imagesthat上可视化，还通过将蛋白质穿过隔室的线（边缘）显示蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）。一目了然，这同时突出显示蛋白质在其物理环境中受到的空间约束，并针对这些本地化可视化PPI。可视化两种现实有助于在单一蛋白或其组与数百个合作伙伴中相互作用时出现的“毛球”现象有助于将蛋白质相互作用的可视化进行平静下降。

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