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UNIT 8.24 Using the Contextual Hub Analysis Tool (CHAT) in Cytoscape to Identify Contextually Relevant Network Hubs

机译：单元8.24使用cytoscape中的上下文集线器分析工具（聊天）来识别上下文相关网络集线器

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Highly connected nodes in biological networks are called network hubs. Hubs are topologically important to the structure of the network and have been shown to be preferentially associated with a range of phenotypes of interest. The relative importanceof a hub node, however, can change depending on the biological context. Here, we provide a step-by-step protocol for using the Contextual Hub Analysis Tool (CHAT), an application within Cytoscape 3, which enables users to easily construct and visualizea network of interactions from a gene or protein list of interest, integrate contextual information, such as gene or protein expression data, and identify hub nodes that are more highly connected to contextual nodes than expected by chance.
机译：生物网络中的高度连接的节点称为网络集线器。 集线器对网络结构进行了拓扑上重要的，并且已被证明优先与一系列感兴趣的表型相关联。 然而，集线器节点的相对重要性可以根据生物学背景而改变。 在这里，我们提供了一个逐步的协议，用于使用Cytoskape 3中的应用程序，这使得用户能够容易地构建和Visualizea来自基因或蛋白质兴趣列表中的相互作用网络，整合上下文 诸如基因或蛋白质表达数据的信息，以及识别与上下文节点更高度相连的集线器节点而不是偶然的偶然。

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