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Design of efficient computational workflows for in silico drug repurposing

机译：在硅药物重新施加中的高效计算工作流程设计

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摘要

Here, we provide a comprehensive overview of the current status of in silico repurposing methods by establishing links between current technological trends, data availability and characteristics of the algorithms used in these methods. Using the case of the computational repurposing of fasudil as an alternative autophagy enhancer, we suggest a generic modular organization of a repurposing workflow. We also review 3D structure based, similarity-based, inference-based and machine learning (ML)-based methods. We summarize the advantages and disadvantages of these methods to emphasize three current technical challenges. We finish by discussing current directions of research, including possibilities offered by new methods, such as deep learning.
机译：在这里，我们通过在这些方法中使用的算法的当前技术趋势，数据可用性和特性之间建立链接，全面概述了Silico Repurpupling方法的当前状态。 使用计算重新计算Fasudil作为替代自噬增强器的情况，我们建议一个泛型模块化组织的重新播放工作流程。 我们还审查了基于3D结构，基于相似的，推断的和机器学习（ML）的方法。 我们总结了这些方法的优缺点，以强调三种目前的技术挑战。 我们通过讨论当前研究方向，包括新方法提供的可能性，如深度学习。

著录项

  • 来源
    《Drug discovery today》 |2017年第2期|共13页
  • 作者

    Vanhaelen Quentin; Mamoshina Polina; Aliper Alexander M.; Artemov Artem; Lezhnina Ksenia; Ozerov Ivan; Labat Ivan; Zhavoronkov Alex;

  • 作者单位

    Johns Hopkins Univ Insilico Med Inc ETC Baltimore MD 21218 USA;

    Johns Hopkins Univ Insilico Med Inc ETC Baltimore MD 21218 USA;

    Johns Hopkins Univ Insilico Med Inc ETC Baltimore MD 21218 USA;

    Johns Hopkins Univ Insilico Med Inc ETC Baltimore MD 21218 USA;

    Johns Hopkins Univ Insilico Med Inc ETC Baltimore MD 21218 USA;

    Johns Hopkins Univ Insilico Med Inc ETC Baltimore MD 21218 USA;

    BioTime Inc 1010 Atlantic Ave 102 Alameda CA 94501 USA;

    Johns Hopkins Univ Insilico Med Inc ETC Baltimore MD 21218 USA;

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  • 正文语种 eng
  • 中图分类 药学;
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