...
  • 主题
高级搜索  >
历史搜索 清空历史
首页> 外文期刊>Briefings in functional genomics & proteomics >Customized strategies for discovering distant ncRNA homologs
【24h】

Customized strategies for discovering distant ncRNA homologs

机译：用于发现远距离ncRNA同源物的定制策略

获取原文
获取原文并翻译 | 示例
           
页面导航
  • 摘要
  • 著录项
  • 相似文献
  • 相关主题

摘要

A large fraction of non-coding RNAs is short and/or poorly conserved in sequence. Most of the longer examples,furthermore, consist of a collection of conserved structural motifs rather than a coherent globally conservedsecondary structure. As a consequence, the conceptually simple problem of homology search becomes a complexand technically demanding task. Despite the best efforts of databases such as Rfam, the situation is complicatedfurther by the sparsity of information in many—in particular prokaryotic—RNA families. In this contribution, wereview recent efforts to customize sequence-based search tools for ncRNA applications. In particular, semi-globalalignments and the development of methods for fragmented pattern search have brought significant practicaladvances. Current developments in this area focus on the integration of fragmented sequence pattern search withsearch algorithms for secondary structure patterns. We focus here, in particular, on strategies that can be successfulin the 'twilight zone' where generic approaches from blast to infernal to start to fail.
机译：大部分非编码RNA序列短和/或保守性差。此外，大多数较长的示例都由一组保守的结构图案组成，而不是由连贯的全局保守的二级结构组成。结果，同源性搜索的概念上简单的问题成为一项复杂且技术要求高的任务。尽管Rfam等数据库已尽了最大努力，但由于许多RNA信息（尤其是原核RNA）家族中的信息稀疏，使情况更加复杂。在此贡献中，areview综述了为ncRNA应用定制基于序列的搜索工具的最新努力。特别地，半全局对准和碎片模式搜索方法的发展带来了重大的实用进展。该领域的当前发展集中在片段化序列模式搜索与用于二级结构模式的搜索算法的集成上。在这里，我们特别关注在“暮光之城”中可以成功的策略，在这种情况下，从爆炸到地狱的通用方法开始失败。

著录项

相似文献

  • 外文文献
  • 中文文献
  • 专利
获取原文

客服邮箱：kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备：11010802029741号 ICP备案号：京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有

  • 客服微信

  • 服务号