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Molecular typing of Legionella pneumophila serogroup 1 clinical strains isolated in Italy

机译：在意大利分离的嗜肺军团菌血清群1临床菌株的分子分型

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Molecular typing methods for discriminating different bacterial isolates are essential epidemiological tools in prevention and control of Legionella infections and outbreaks. A selection of 56 out of 184 Legionella pneumophila serogroup 1 (Lpl) clinical isolates, collected from different Italian regions between 1987 and 2012, and stored at the National Reference Laboratory for Legionella, were typed by monoclonal antibody (MAb) subgrouping, amplified fragment length polymorphism (AFLP) and sequence based typing (SBT). These strains were isolated from 39 community (69.6%), 14 nosocomial (25%) and 3 travel associated (5.4%) Legionnaires'disease cases. MAb typing results showed a prevalence of MAb 3/1 positive isolates (75%) with the Philadelphia subgroup representing 35.7%, followed by Knoxville (23.2%), Benidorm (12.5%), Allentown/France (1.8%), Allentown/France-Philadelphia (1.8%). The remaining 25% were MAb 3/1 negative, namely 11 Olda (19.6%), 2 Oxford (3.6%) and 1 Bellingham (1.8%) subgroups. AFLP analysis detected 20 different genomic profiles. SBT analysis revealed 32 different sequence types (STs) with high diversity of STs (IOD_(sts) = 0.952) 12 of which were never described before. ST1 and ST23 were most frequently isolated as observed worldwide. A helpful analysis of data from SBT, MAb subgrouping and AFLP is provided, as well as a comparison to the Lpl types investigated from other countries. This study describes the first Italian Lpl strains database, providing molecular epidemiology data useful for future epidemiological investigations, especially of travel associated Legionnaires' diseases (TALD) cases, Italy being the country associated with the highest number of clusters.
机译：区分不同细菌分离株的分子分型方法是预防和控制军团菌感染和暴发的基本流行病学工具。在1987年至2012年之间从意大利不同地区收集的184种肺炎军团菌血清群1（Lpl）临床分离株中，选择56种，并保存在国家军团菌参考实验室中，通过单克隆抗体（MAb）分组，扩增片段长度多态性（AFLP）和基于序列的分型（SBT）。这些菌株分别来自39个社区（69.6％），14个医院（25％）和3个与旅行有关的退伍军人病病例（5.4％）。 MAb分型结果显示，普遍存在MAb 3/1阳性分离株（75％），其中费城亚组占35.7％，其次是诺克斯维尔（23.2％），贝尼多姆（12.5％），法国阿伦敦（1.8％），法国阿伦敦-费城（1.8％）。其余25％为MAb 3/1阴性，即11个Olda（19.6％），2个Oxford（3.6％）和1个Bellingham（1.8％）亚组。 AFLP分析检测到20种不同的基因组谱。 SBT分析显示32种不同的序列类型（ST），其ST的多样性很高（IOD_（sts）= 0.952），其中12种以前从未描述过。从全球范围来看，ST1和ST23最常见。提供了对来自SBT，MAb分组和AFLP的数据的有用分析，以及与其他国家/地区调查的Lpl类型的比较。这项研究描述了第一个意大利Lpl菌株数据库，提供了分子流行病学数据，可用于未来的流行病学调查，尤其是与旅行相关的军团病（TALD）病例有关的国家，而意大利是与簇群相关的国家最多的国家。

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