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Comprehensive analysis of the origin of eukaryotic genomes

机译：真核基因组起源的全面分析

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There is currently no consensus on the evolutionary origin of eukaryotes. In the search of the ancestors of eukaryotes, we analyzed the phylogeny of 46 genomes, including those of 2 eukaryotes, 8 archaea, and 36 eubacteria. To avoid the effects of gene duplications, we used inparalog pairs of genes with orthologous relationships. First, we grouped these inparalogs into the functional categories of the nucleus, cytoplasm, and mitochondria. Next, we counted the sister groups of eukaryotes in prokaryotic phyla and plotted them on a standard phylogenetic tree. Finally, we used Pearson's chi-square test to estimate the origin of the genomes from specific prokaryotic ancestors. The results suggest the eukaryotic nuclear genome descends from an archaea that was neither euryarchaeota nor crenarchaeota and that the mitochondrial genome descends from alpha-proteobacteria. In contrast, genes related to the cytoplasm do not appear to originate from a specific group of prokaryotes.
机译：目前对真核生物的进化起源尚无共识。在寻找真核生物祖先的过程中，我们分析了46个基因组的系统发育，包括2个真核生物，8个古细菌和36个真细菌的基因组。为了避免基因重复的影响，我们使用具有直系同源关系的基因的旁系同源对。首先，我们将这些旁系同源物分为细胞核，细胞质和线粒体的功能类别。接下来，我们计算了原核生物门中的真核生物姐妹组，并将它们绘制在标准的系统树上。最后，我们使用Pearson的卡方检验来估计特定原核祖先的基因组起源。结果表明，真核细胞核基因组来自既不是古细菌也不是古细菌的古细菌，而线粒体基因组则来自α-变形细菌。相反，与细胞质有关的基因似乎不起源于特定的原核生物组。

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