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首页> 外文期刊>Molecular phylogenetics and evolution >Potential use of host-derived genome signatures to root virus phylogenies
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Potential use of host-derived genome signatures to root virus phylogenies

机译：宿主来源的基因组签名在根病毒系统发育中的潜在用途

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Two methods are presented that provide independent evidence with which to test virus-phylogeny roots. The methods may be applied to phages and other viruses in which at least one horizontal transfer between hosts is inferred across the virus phylogeny. The methods are based upon the inference that viral DNA sequences acquire similar genome signatures (or "genomic signatures") to those of their hosts. One of the two methods may be applied to horizontal virus transfers between three or more hosts. Both methods may potentially be extended to rooting plasmid and transposable-element phylogenies. The effect of using different word lengths (2-bp, 3-bp, or 4-bp) to calculate genome signatures, which host genomes (of bacteria) or genome regions (of eukaryotes) were used, which virus sequences were used, and whether distance, counts, or Z-scores are applied were examined using empirical datasets. (C) 2008 Elsevier Inc. All rights reserved.
机译：提出了两种方法，它们提供了独立的证据来测试病毒系统根。所述方法可以应用于噬菌体和其他病毒，在所述噬菌体和其他病毒中，宿主之间的至少一种水平转移被推断为跨越病毒系统发生。该方法基于这样的推论，即病毒DNA序列获得与其宿主相似的基因组特征（或“基因组特征”）。两种方法之一可以应用于三个或更多主机之间的水平病毒传输。两种方法都可能扩展到生根质粒和转座子系统发育。使用不同的字长（2-bp，3-bp或4-bp）来计算基因组签名的效果，该签名使用了（细菌的）宿主基因组或（真核生物的）基因组区域，使用了哪些病毒序列，以及使用经验数据集检查是否应用了距离，计数或Z分数。 （C）2008 Elsevier Inc.保留所有权利。

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