法律状态公告日
法律状态信息
法律状态
2017-09-12
授权
授权
2015-10-07
实质审查的生效 IPC(主分类):C12N15/11 申请日:20150619
实质审查的生效
2015-09-09
公开
公开
技术领域
本发明属于分子标记鉴定领域,特别涉及一种能够鉴定吴江香青菜的ISSR-SCAR标记及其鉴定方法。
背景技术
青菜(Brassica chinensis L.)也叫小白菜、不结球白菜,属十字花科芸薹属,为一年生或二年生草本,是重要的蔬菜和油料作物。青菜原产中国,但是近年来东南亚及欧美等一些国家也逐步引种栽培,目前成为世界性的蔬菜。其中香青菜不仅是我国独有的青菜品种,而且是苏州地方传统特色珍稀蔬菜品种。至今已有100多年的栽培历史,主要种植在沿东太湖及太湖西南岸,涉及吴江的震泽、横扇、七都、桃源以及松陵、平望、盛泽等镇的部分地区。由于吴江香青菜香味浓郁,品质柔嫩,风味独特,其优势别的地方无法复制,2009年,经农业部评定,吴江香青菜成为江苏省省首批、苏州市第一个国家农产品地理标志登记保护的农产品。目前对吴江香青菜的鉴别主要依据其形态学特征,如植株半披张、叶片长椭圆形、叶缘程浅波纹皱褶、叶面邹成波状突起等。但由于大部分青菜品种苗期相似,直到成株才开始表现出品种的特性,所以对其品种的鉴定往往需要一定时间。因此,为了更加有效地区分外形相似的不同青菜品种,保护地理标志产品的种质资源,开发出稳定、准确地鉴别地理标志产品的技术体系迫在眉睫。
近年来,DNA分子标记技术逐步成熟和完善,在遗传图谱构建、品种鉴定、亲缘关系分析和基因定位等方面得到了广泛的应用。目前常用的DNA分子标记主要有基于DNA分子杂交的RFLP、小卫星DNA等和基于PCR反应的RAPD、SCAR、SSR、ISSR、SRAP等。其中序列特异性扩增区域(Seqμence characterized amplified regions, SCARs)标记通常是由RAPD、SRAP、ISSR标记转化而来,是将上述分子标记筛选出的特异标记片段进行克隆和测序,根据其碱基序列设计一对特异引物,用于对特征扩增区域的特异性扩增。SCAR标记一般表现为扩增片段的有无,是一种显性标记,具有稳定性好、可重复性强等优点,目前已成为育种实践中能直接应用的首选标记。
虽然目前DNA分子标记技术在青菜中已取得了一定的研究成果,但主要集中在遗传多样性和遗传图谱构建方面,在品种鉴定方面的报道大多是通过SSR指纹图谱对青菜品种进行鉴别,但由于该方法操作繁琐、重复性差,并且不是可直接应用的专一性、特异性分子标记,因此不适合用于稳定、快速、准确的品种鉴别体系的开发。
发明内容
本发明的目的是提供一种能够鉴定吴江香青菜的ISSR-SCAR标记及其鉴定方法,通过提供鉴别吴江香青菜的一个DNA片段、一组特异性鉴别引物和一种鉴别方法,实现对吴江香青菜品种的特异性鉴定,为保护地理标志产品的种质资源提供有力的技术支持。
本发明采用的技术方案是:
本发明涉及一个能够在吴江香青菜中扩增出特异性条带的ISSR引物,所述引物的核苷酸序列为SEQ ID NO: 1所示。
本发明所述核苷酸序列为SEQ ID NO.1所示的引物是通过22条ISSR引物对香吴江青菜和其它10种江淮地区主栽的青菜品种(包括上海青、小八叶、黑心乌、中其白、苏州青、五月慢、高梗白、矮脚黄、四月慢和黄心乌)进行PCR扩增,筛选出的能够在吴江香青菜中扩增出特异性条带的引物。
本发明涉及一个吴江香青菜特异性DNA片段,所述基因的核苷酸序列为SEQ ID NO.2所示。
本发明所述核苷酸序列为SEQ ID NO.2所示的基因是使用核苷酸序列为SEQ ID NO.1所示的引物在吴江香青菜中扩增出的一条特异性条带,该扩增条带只出现在吴江香青菜中,而在其它青菜品种中没有。将该特异性条带进行克隆和测序获得其核苷酸序列。
本发明涉及一组特异性鉴别吴江香青菜的SCAR引物,其中上游引物为SEQ ID NO.3,下游引物为SEQ ID NO.4,分布对应于SEQ ID NO.2片段的11-33nt及1168-1191nt位点。
本发明提供一种吴江香青菜的DNA分子鉴别方法,其特征在于利用特异性鉴别吴江香青菜的SCAR引物对待检青菜品种的10个个体DNA样品进行PCR反应,PCR反应产物通过琼脂糖凝胶电泳进行检测。在1181bp处出现扩增条带的样品为吴江香青菜,而相同部位没有出现条带的样品不是香青菜。
本发明所述的鉴别吴江香青菜的PCR反应体系为20 μl,其组分及终浓度为:DNA模板(20 ng/μl)1.0 μl,2×反应混合物(含20 mM Tris-HCl,100 mM KCl,3 mM MgCl2,400 μM的dNTPs,溴酚蓝)10.0 μl,引物(10 mM)各0.8 μl,Taq DNA 聚合酶(2.5U/μl)0.4 μl,最后用双蒸水补齐至20 μl。PCR程序为:94℃,5min预变性;94℃变性45s,55℃退火45s,72℃延伸1min,30个循环;最后72℃延伸8 min。PCR扩增产物经1.0%琼脂糖凝胶电泳,溴化乙锭(EB)染色,电压80V,电泳0.5h后用凝胶成像系统观察、拍照,用2000bp的DNA ladder作为分子量标记。
有益效果:本发明是首次对国家农产品地理标志登记保护的农产品——吴江香青菜进行分子标记的研究,本发明提供的鉴定吴江香青菜的ISSR-SCAR标记方法具有操作简单、灵敏度高、重复性好等优点,能够实现对吴江香青菜品种的特异性鉴定,对于保护地理标志产品的种质资源具有重要的意义。
附图说明
图1是香青菜和10个其它青菜品种的ISSR引物(SEQ ID NO.1)扩增图谱。
泳道1-11从左至右依次为:香青菜、上海青、小八叶、黑心乌、中其白、苏州青、五月慢、高梗白、矮脚黄、四月慢和黄心乌,泳道M为DNA Marker。
图2是香青菜和其它青菜品种各10个单株的ISSR-SCAR(SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4)检测图谱。
A为香青菜,B为上海青,C为小八叶;D为黑心乌;E为中其白;F为苏州青;G为五月慢;H为高梗白;I为矮脚黄;J为四月慢;K为黄心乌。泳道1-10为该品种的10个不同单株,泳道M为DNA Marker。
具体实施方式
下面结合附图对本发明的实施例进行详细说明。
1、待检样品DNA的提取
选取待检的植物生长状况良好的植株(表1),采集健康嫩叶100 mg,利用Easy Pure Plant Genomic DNA Kit试剂盒(北京全式金生物技术有限公司),参照说明书,提取样品总DNA。用核酸蛋白检测仪(eppendorf,美国)检测DNA的浓度及纯度,调整DNA浓度为20ng/μl,并将DNA样品于-20℃保存备用。
表1 实验材料表
2、ISSR引物的筛选
PCR反应在BioMetra T1型PCR仪上进行,反应体系为20 μl,其组分及终浓度为:20 ng DNA模板(20 ng/μl) 1.0 μl,2×Reaction Mix(20 mM Tris-HCl,100 mM KCl,3 mM MgCl2,400 μM的dNTPs,溴酚蓝)10.0 μl,引物(10 mM)各0.8 μl,Taq DNA 聚合酶 (2.5U/μl) 0.4 μl,最后用双蒸水补齐至20 μl。PCR程序为:94℃,7 min预变性;94℃变性1min,53℃退火45 s,72℃延伸1 min,35个循环;最后72℃延伸10 min。扩增产物经3.0%琼脂糖凝胶电泳检测,溴化乙锭(EB)染色,电压80V,电泳1.5h。用凝胶成像系统观察、拍照,用2000bp的 DNA ladder作为分子量标记。
3、ISSR-SCAR克隆及测序
经过筛选22条ISSR引物,其中序列SEQ ID NO.1的引物能在香青菜中扩增出特异性条带。利用上海捷瑞生物工程有限公司生产的琼脂糖凝胶DNA回收试剂盒(离心柱型)对该特异性条带进行回收、纯化。连接反应参照pMD19-T Vector(购自Takara公司)说明书,反应体系10 μl,包括以下组分:Vector 1μl,Solution I 5μl,DNA 4 μl,4℃过夜连接。次日,将连接产物转入大肠杆菌DH5α感受态细胞(购自Takara公司)。具体步骤为:取5 μl连接产物加入感受态细胞中,轻轻混匀,冰浴30 min,42℃热激90 s,冰浴5 min,加500 μl液体SOC溶液,于37℃,180 rpm的摇床中培养1小时,涂平板,放在培养箱中过夜培养。次日,挑取单菌落,用通用引物M13和RV-M进行菌落 PCR 检验,将含有正确条带的克隆交由南京锐真生物技术有限公司进行测序。
4、ISSR-SCAR标记的验证
根据本发明中吴江香青菜的特异性序列SEQ ID NO.2,设计出一组特异性引物(SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4)用于SCAR反应。具体为:以吴江香青菜和其它10个青菜品种为待检样品,每个品种随机选取10个个体,用合成的SCAR引物进行品种特异性单株验证,反应体系为20 μl,其组分及终浓度为: DNA模板(20 ng)1 μL,2×Reaction Mix(20 mM Tris-HCl,100 mM KCl,3 mM MgCl2,400 μM的dNTPs,溴酚蓝)10.0μl,引物(10 μmol/L)各为0.8 μl,Taq DNA聚合酶(2.5U/μl)0.4 μl,最后用双蒸水补齐至20 μl。扩增程序为:94℃,5 min预变性;94℃变性45 s,55℃退火45s ,72℃延伸1 min,30个循环;最后72℃延伸8 min。PCR扩增产物经1%琼脂糖凝胶电泳,溴化乙锭(EB)染色,电压80 V,电泳0.5 h后用凝胶成像系统观察、拍照,用2000 bp的 DNA ladder作为分子量标记。
机译: 调节knfb活性,鉴定能够直接或间接调节p105活性的化合物,鉴定可用于治疗涉及或使用炎症反应的疾病的药物的参考化合物的方法,多肽和调节细胞中p105活性的过程,使用化合物,鉴定调节tpl-2介导的炎症反应的化合物,鉴定调节tpl-2信号转导的化合物,鉴定通过调节tpl-活性2来调节tpl-2多肽与tpl-2调节靶标成分相互作用的化合物,以治疗有此需要的患者的免疫系统疾病,以治疗tpl-2介导的疾病因此,在需要治疗的患者中调节tpl-2介导的nfkb调节是治疗类风湿性关节炎的方法。
机译: 增加刺激或增强t细胞分化的方法,在哺乳动物中治疗由th1介导的疾病的方法,在哺乳动物中预防,抑制或减弱t细胞分化的方法,在哺乳动物中治疗由th2介导的疾病的方法,方法在细胞中确定tccr多肽的存在,在哺乳动物中诊断th1介导的疾病或th2介导的疾病的方法,鉴定能够抑制tccr多肽表达的化合物的方法以及鉴定能够抑制tccr多肽生物活性的方法tccr多肽,tccr多肽的拮抗剂和激动剂的用途
机译: 调节甲状腺激素受体活性的方法,用于鉴定能够选择性地调节甲状腺激素受体同工型活性的化合物,用于鉴定甲状腺激素受体拮抗剂或拮抗剂配体,以及鉴定能选择性调节甲状腺激素受体拮抗剂的化合物的方法。甲状腺激素受体,肽分子,拟肽或合成的活性以及机器可读数据存储的方式