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基于重测序数据中多态性位点密度鉴定小麦育种的基因组选择利用区间的方法

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摘要

本发明公开了基于重测序数据中多态性位点密度鉴定小麦育种的基因组选择利用区间的方法。该方法包括提取待鉴定作物材料基因组DNA并进行全基因组重测序；质控重测序数据并将其比对到作物参考基因组上得到DNA序列比对文件；分别过滤鉴定待鉴定作物材料得到待鉴定作物材料与作物参考基因组相比的排除CNV变异区间的SNP变异位点；计算所述得到的待鉴定作物材料SNP变异位点之间的差异SNP变异位点的密度分布；根据密度分布拟合得到混合正态分布后根据分布边界确定阈值，得到待鉴定作物材料之间的SNP多态性热点区间和SNP低频变异区间。本发明可用于确定不同品种间的遗传差异，从基因组水平对种质资源的相似性进行评估。

著录项

公开/公告号CN111798922A

专利类型发明专利
公开/公告日2020-10-20

原文格式PDF
申请/专利权人中国农业大学;
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申请/专利号CN202010742489.5
发明设计人郭伟龙;杨正钊;孙其信;王梓豪;倪中福;彭惠茹;王文熙;胡兆荣;姚颖垠;辛明明;
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申请日2020-07-29
分类号G16B20/20(20190101);G16B20/30(20190101);G16B30/10(20190101);G06K9/62(20060101);
代理机构11245 北京纪凯知识产权代理有限公司;
代理人任凤华
地址 100193 北京市海淀区圆明园西路2号
入库时间 2023-06-19 08:00:20

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