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检测人类基因组病毒整合位点的方法及装置

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本发明涉及一种检测人类参考基因组病毒整合位点的方法及装置，属于基因检测生物信息学分析技术领域。该方法包括：基因组比对、滑动切割、短序列比对、整合步骤。该方法将同时没有比对到人类参考基因组及病毒基因组的reads进行滑动切割，将切割后的子序列（或称短序列）重新进行比对，通过比对的位置及某条reads分割序列顺序的聚类、相关性及协方差处理，并在分析过程中，可列举所有高度可能的比对位置，可以准确找出同时比对上人类参考基因组及病毒基因组的reads，精准定位，误差范围在3bp以内。并且该方法计算资源要求不高，运行速度快，具有较高的实用价值。

著录项

公开/公告号CN110957008B

专利类型发明专利
公开/公告日2020-06-23

原文格式PDF
申请/专利权人广州市金域转化医学研究院有限公司;广州金域医学检验集团股份有限公司;
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申请/专利号CN202010121537.9
发明设计人蒙裕欢;关宇佳;严慧;孟博;于世辉;
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申请日2020-02-26
分类号
代理机构广州新诺专利商标事务所有限公司;
代理人李海恬
地址 510000 广东省广州市开发区国际生物岛螺旋三路10号南楼319房
入库时间 2022-08-23 11:02:57

法律信息

法律状态公告日

法律状态信息

法律状态
2020-06-23

授权

授权
2020-05-01

实质审查的生效 IPC(主分类):G16B20/30 申请日:20200226

实质审查的生效
2020-04-03

公开

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1. 检测人类基因组病毒整合位点的方法及装置 [P] . 中国专利： CN110957008B . 2020.06.23
2. 检测人类基因组病毒整合位点的方法及装置 [P] . 中国专利： CN110957008A . 2020-04-03
3. METHOD FOR DETECTING PROVIRAL DNA OF HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS INTEGRATED INTO HUMAN GENOME IN ULTRALOW CONCENTRATIONS AND SPECIFIC OLIGONUCLEOTIDES FOR USE IN METHOD [P] . 俄罗斯专利： RU2720767C1 . 2020-05-13

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4. CRISPR-CAS SYSTEM FOR DETECTING PROVIRAL DNA OF HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS INTEGRATED INTO A HUMAN GENOME IN ULTRA-LOW CONCENTRATIONS [P] . 俄罗斯专利： RU2720768C1 . 2020-05-13

机译： CRISPR-CAS系统，用于检测超低浓度人类免疫缺陷病毒整合入人类基因组的DNA
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