psbA-trnH

摘要： 目的基于DNA条形码技术对北苍术种子进行鉴定研究及序列特征分析,探讨北苍术种子DNA条形码技术鉴定的可行性。方法收集北苍术种子12份,利用体视显微镜观察北苍术的外观形态特征;通过DNA提取、聚合酶链式反应(PCR)和双向测序获得其ITS2和psbA-trnH序列;利用CodonCode Aligner V9.0.1对其峰图质量进行评价,使用MEGA-X进行多序列比对和变异位点分析。结果北苍术种子的DNA提取、PCR扩增和测序成功率均为100%,且取得良好的测序结果;分别各获得12条北苍术种子的ITS2序列和psbA-trnH序列,其中获得的ITS2序列仅存在2个插入/缺失位点,psbA-trnH序列包含3个变异位点和4个单倍型,表明不同产地的北苍术种子种内变异相对较小。结论基于ITS2序列和psbA-trnH序列的DNA条形码研究和序列分析,为北苍术种子的物种鉴定和遗传多样性研究提供了参考。

摘要： 以不同地理来源的华顶杜鹃叶片DNA为材料,采用PCR方法克隆叶绿体psbA-trnH,并利用生物信息学技术明确序列特征和系统发育关系。结果表明:华顶杜鹃psbA-trnH的序列长度为352~353 bp,GC值29.2%~29.3%;经多重比对后得出4个不同地理来源样品的psbA-trnH之间仅存在1个碱基的差异,但与其他杜鹃属植物同源序列间的差异较大;从系统发育分析得出,华顶杜鹃与其他14种杜鹃属植物在发育树上分为6组,其中,华顶杜鹃与长蕊杜鹃和毛棉杜鹃的亲缘关系最近,它们聚于同一分支。以期通过对华顶杜鹃叶绿体psbA-trnH序列的克隆与分析,为后续开展该珍稀濒危植物的遗传多样性研究奠定基础。

摘要： 随着乳饮料行业快速发展,掺杂使假现象层出不穷,对核桃乳真实成分的准确鉴定变的尤为重要。核桃乳属深加工食品,DNA破坏严重,DNA提取是开展核桃乳DNA条形码鉴定的首要环节。为优化核桃乳DNA提取方法,并基于psbA-trnH基因DNA条形码建立核桃乳的掺假造假鉴定方法。以10种不同品牌的核桃乳为样品,采用3种方法(静置抽提、异丙醇沉淀、抽真空冻干)进行预处理,再用2种CTAB裂解沉淀方法和3种试剂盒方法(康为新型植物基因组DNA提取试剂盒、爱思进植物基因组DNA提取试剂盒和天根深加工食品DNA提取试剂盒)提取核桃乳DNA,并在此基础上创新尝试了CTAB与爱思进试剂盒结合方法。以提取的市售核桃乳DNA为模板,利用自行设计的特异性基因psbA-trnH-wal鉴定样品中是否含有核桃成分,确定造假情况;选择常见植物候选基因psbA-trnH鉴定样品中是否含有其他成分,确定掺假情况。结果表明,抽真空冻干预处理方法优于其他2种预处理方式。CTAB与爱思进试剂盒结合方法能提取到纯度好、得率高、扩增能力强的核桃乳DNA,是最佳的核桃乳DNA提取方法。扩增及比对结果显示,1款核桃乳样品中含有花生,属于掺假产品。抽真空冻干预处理、CTAB与爱思进试剂盒结合为优化后的核桃乳DNA提取方法,psbA-trnH-wal基因和psbA-trnH基因结合能够对核桃乳及其掺假造假品进行快速准确的鉴定。

摘要： 黄精属(Polygonatum)的许多物种具有重要的药用价值,但目前缺乏能够准确、高效地鉴定黄精属药用植物的DNA条形码。本研究通过对ITS、trnK-matK、rbcL、psbA-trnH和psbK-psbI序列进行扩增和测序,并从ITS序列中提取ITS2序列,共获得黄精属7个药用物种23份样品的138条序列。进一步比较6个DNA条形码对黄精属药用植物的鉴定效率,并验证所筛选条形码的可靠性。结果显示:trnK-matK的种内和种间变异重合少且有较明显的条形码间隙,其他5个序列的种内和种间变异重合多且无条形码间隙;BLAST结果表明trnK-matK的鉴定效率最高(85.7%),系统发育树显示trnK-matK的鉴定能力最强,能将全部12个多花黄精样品聚在一支,并能区分黄精、滇黄精、玉竹、点花黄精和湖北黄精;AMOVA分析结果揭示trnK-matK的群体遗传分化指数(F_(st))最高,适用于区分黄精属物种间差异。因此,trnK-matK最适用于黄精属药用植物的分子鉴定。

摘要： 利用ISSR、核基因ITS2、叶绿体基因psbA-trnH和trnL-F三种分子标记对100个国内外广为种植的栽培金鸡菊(Coreopsis)种质进行遗传多样性和亲缘关系分析,以期为栽培金鸡菊的分类鉴定、育种及指纹图谱构建提供更多分子依据。结果表明:三种分子标记均显示沙漠金鸡菊与其余材料亲缘关系较远;12条ISSR引物扩增出总条带153个,多态性条带149个,多态性条带百分比为97.39%,在遗传距离为0.664处整体可划分为4类;ITS2,psbA-trnH和trnL-F序列大小分别为171 bp~175 bp,252 bp~426 bp和698 bp~703 bp;基于psbA-trnH和trnL-F序列的母系溯源整体可分为6类,二者合并后定义了9个单倍型,两色组和歧序组是具有特殊舌状花色的金鸡菊品种重要的母系材料,轮叶金鸡菊‘月光’和短毛金鸡菊‘虹光’等品种源于远缘杂交;ITS2序列将整体划分为5类,定义了63个单倍型,大部分单倍型只对应一个种质,ITS2序列有望作为金鸡菊品种鉴定的DNA条形码。

摘要： 利用ITS2和psbA-trnH序列对20份药用甘草的变异位点和亲缘关系进行分析,从DNA水平对3种药用甘草进行种类鉴定,结果可为胀果光果杂种甘草的亲缘偏向提供分子生物学依据.研究收集乌拉尔甘草、光果甘草、胀果甘草及其胀果光果杂种甘草共20份材料,使用改良CTAB法对其进行DNA提取,通过PCR扩增与测序、序列比对以及GC含量和遗传距离分析,并构建系统发育树.结果表明,ITS2序列长度为223 bp,共检测到变异位点6个,保守位点217个,GC含量为52.02％～53.36％,乌拉尔甘草与其他2种药用甘草及胀果光果杂种甘草的种间遗传距离为0.01145～0.01180,明显大于其种内遗传距离0.0036;系统发育树结果显示,乌拉尔甘草单独为一支,其余材料聚为一支.psbA-trnH序列长度为384～407 bp,共检测到变异位点184个,保守位点216个,GC含量为27.5％～35.9％;胀果光果杂种甘草与胀果甘草的种间遗传距离为0.1108,系统发育树得出,乌拉尔甘草与光果甘草聚为一支,胀果光果杂种甘草与胀果甘草聚为一支.ITS2可鉴别乌拉尔甘草,psbA-trnH序列可进一步区分光果甘草和胀果甘草,胀果光果杂种甘草与胀果甘草的亲缘关系最近.

摘要： 使用DNA条形码分子鉴定技术,对湖北后河国家级自然保护区野生黄连物种进行分子鉴定,为保护区黄连的种质资源保护及潜在开发利用提供前期工作基础.共收集湖北后河、四川峨眉等不同产地的黄连植株及其近缘物种12份,对其进行DNA提取,PCR扩增和测序;对实验样本和GenBank下载的序列进行多序列比对、BLAST分析和NJ系统发育树构建.共获得黄连及其近缘物种ITS2序列82条、psbA-TrnH序列24条.不同种属黄连分别聚类.其中,黄连、短萼黄连种内平均K2P遗传距离分别为0.017和0.008,黄连属间为0.051.结合形态学鉴定和中药材DNA条形码技术,不同种属的黄连可以很好地区分.成功鉴定湖北后河国家级自然保护区野生黄连物种为短萼黄连(Coptischinensis var.brevisepala),其ITS2、psbA-TrnH序列长度分别为200 bp和258 bp.

摘要： 目的 对中国的6种红树类海桑属植物进行DNA条形码研究,为该属植物鉴定、资源保护、合理开发等提供参考依据.方法 以核基因ITS2片段及叶绿体基因片段psbA-trnH作为DNA条形码,对分布在中国的海桑属植物进行基因组DNA提取、PCR扩增和双向测序.所得序列经CodonCode Aligner拼接获得叶绿体psbA-trnH基因间区序列和核ITS2序列,用软件MEGA6.0进行相关数据分析,构建NJ(邻接)树.结果 我国6种红树类海桑属植物的ITS2序列间存在明显差异,psbA-trnH序列间也存在一定的碱基差异,表明6种海桑属植物具有其各自独特的DNA条形码,可以相互区别,同时基于ITS2序列及psbA-trnH序列构建的邻接(NJ)树可以看出6种海桑属植物具有或近或远的亲缘关系.结论 核ITS2和叶绿体psbA-trnH序列作为DNA条形码可以有效地区分和鉴别我国6种红树类海桑属植物,为后续药用资源开发等相关研究提供了参考.

摘要： [目的]应用DNA条形码鉴定技术对短柄五加等五加属植物进行研究,以弄清倒卵叶五加和短柄五加的物种关系.[方法]通过对馆藏标本与现地植物形态进行观测,采用通用引物ITS2和psbA-trnH对采自陕甘宁地区的短柄五加等50个样本进行扩增后双向测序,并从GenBank数据库下载了五加属等相关植物的序列,分别通过ITS2 database或其序列注释,获得ITS2和psbA-trnH序列,随后进行BLAST比对鉴定分析;用MEGA 6.06软件对所得序列进行比对,分析变异位点,计算GC含量、种内和种间遗传距离,构建NJ系统发育树.[结果]ITS2和psbA-trnH序列的PCR扩增和测序成功率均为100％;倒卵叶五加和短柄五加的植物形态、ITS2序列和psbA-trnH序列完全相同.ITS2序列:短柄五加和糙叶五加仅有一个碱基的差异,蜀五加与藤五加序列相同;psbA-trnH序列:短柄五加与糙叶五加的差异显著,短柄五加与蜀五加序列相同.[结论]同时使用ITS2、psbA-trnH这2个标记的DNA条形码可以准确鉴别短柄五加等五加属植物;短柄五加与倒卵叶五加为同一种植物.

摘要： 目的:基于叶绿体psbA-trnH基因间隔区序列,建立一种PCR-RFLP(聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性)方法鉴别罗布麻(Apocynum venetum L.)及其混淆品白麻(Apocynum pictum),并验证psbA-trnH序列酶切位点种间特异性和种内保守性.方法:将罗布麻和白麻提取总DNA,扩增psbA-trnH序列,扩增产物双向测序.序列分析发现,罗布麻含有特异性酶切位点SspⅠ.结果:扩增产物psbA-trnH为300～400 bp.罗布麻psbA-trnH产物均可以被SspⅠ酶切成两条条带,白麻却不能被SspⅠ酶切.生物信息分析结果表明,在罗布麻属中,罗布麻psbA-trnH序列的SspⅠ酶切位点具有种间特异性和种内保守性,在夹竹桃族进化树中,罗布麻与白麻距离最近.结论:本实验建立的PCR-RFLP方法可以有效鉴别罗布麻和白麻.