寡核苷酸

摘要： 寡核苷酸是一种合成生物分子,由于其在多种生物学和生化方面具有广泛的应用,因此在治疗、诊断和科研领域内发挥重要作用。近年来,寡核苷酸及其类似物在大规模合成方面取得了巨大的研究进展。重点介绍了寡核苷酸的合成方法,以及粗寡核苷酸的纯化方法。

摘要： 目的基于定向进化的新特性蛋白质合成研究的关键在于基因变体库的生成以及目标蛋白质的筛选,而目标蛋白质筛选的成功率取决于基因变体库的多样性,针对采用从头寡核苷酸合成策略的基于基因芯片技术的基因变体库合成生物技术,本文研究并设计一种旨在提高基因变体库多样性的寡核苷酸设计方法。方法采用了逆翻译算法提高基因序列的一致性,并利用在高同源区域的片段切割来提高基因合成过程中的重组率,从而提高基因变体库的多样性。结果与DNAWorks和TmPrime设计后的基因序列相比,本文方法能够达到更高的一致性,同时基因片段切割结果显示该方法能够使切割后的前后片段末端具有非常高的相似度。最后设计的寡核苷酸经过基因芯片合成筛选得到了目标蛋白质。结论本文提出的寡核苷酸设计方法充分利用了DNA序列间的基因重组,设计出的寡核苷酸序列经过基因芯片的合成证实了可行性,说明本文提出的寡核苷酸设计算法能够有效提高基因变体库的多样性。

摘要： 利用纳米石墨和单链寡核苷酸组装了一种新型荧光生物传感器,结合脱氧核糖核酸酶作信号放大,实现了对溶液中的银离子高灵敏高选择性的检测.对缓冲液pH和脱氧核糖核酸酶用量等实验条件进行了优化,在最佳实验条件下该传感器对银离子的检出限为0.3 nM,且具有优异的选择性和较好重现性.在实际水样中该方法对银离子检测的回收率为94.0％ ～97.3％,说明这种传感器可以应用于实际水样中对银离子的检测.

摘要： 以自组装方法,构建了Au纳米粒子(AuNPs)/寡核苷酸/硅量子点(SiQDs)复合物荧光传感体系,AuNPs使复合物中咪唑基硅量子点荧光猝灭。样品溶液中存在黄曲霉毒素B1(AF B1)时,复合物中寡核苷酸与AF B1发生特异性反应,释放出咪唑基硅量子点,使体系的荧光得到恢复,并且其荧光强度随加入样品中AF B1量的增大而增强。优化实验条件为缓冲溶液pH=7.5,50 mmol/L NaCl,孵化时间5 min。在最优条件下,AF B1浓度在0.01~1.0 ng/mL范围与体系荧光强度恢复程度呈现出良好的线性关系,方法检测限(3σ)为8 pg/mL。该方法已成功应用于实际样品中AF B1的测定,其回收率在94.0%~106.0%范围,相对标准偏差为2.1%~3.5%。

摘要： 目的:探讨免疫刺激型寡核苷酸(ODN) YW002对人牙周膜干细胞(hPDLSCs)增殖、周期、凋亡和成骨分化的影响,阐明ODN YW002对hPDLSCs生物学性能的调控作用.方法:原代培养hPDLSCs至3～5代,将细胞分为空白对照组、免疫抑制型ODN MT01组和ODN YW002组,共培养1、2、3和5d后采用MTT法检测各组hPDLSCs的增殖活性,采用流式细胞术检测各组hPDLSCs的细胞周期和凋亡情况,采用磷酸苯二钠微板法检测各组hPDLSCs中碱性磷酸酶(ALP)活性.结果:与空白对照组比较,ODN YW002组在培养1和3d时hPDLSCs增殖活性升高(P＜0.01);培养5d时hPDLSCs细胞增殖活性升高,但差异无统计学意义(P＞0.05).与ODN MT01组比较,ODN YW002组培养1d时hPDLSCs增殖活性下降(P＜0.05);培养3和5d时细胞增殖活性升高,但差异无统计学意义(P＞0.05).与空白对照组和ODN MT01组比较,ODN YW002组培养1d时G0/G1期hPDLSCs百分比降低,但差异无统计学意义(P＞0.05);S期hPDLSCs百分比升高,但差异无统计学意义(P＞0.05).与空白对照组比较,ODN YW002组培养1d时hPDLSCs早期和晚期细胞凋亡率降低(P＜0.05);培养2d时早期和晚期细胞凋亡率降低,但差异无统计学意义(P＞0.05).与ODN MT01组比较,ODN YW002组培养2d时hPDLSCs早期和晚期细胞凋亡率降低(P＜0.05).与空白对照组比较,培养1、3和5d时ODN YW002组hPDLSCs中ALP活性升高(P＜0.01);与ODN MT01组比较,ODN YW002组培养1和5d时hPDLSCs中A1P活性升高(P＜0.05),培养3d时ALP活性降低(P＜0.05).结论:ODN YW002可通过抑制细胞凋亡以促进hPDLSCs增殖,且诱导ALP活性升高,提示其有潜在的促hPDLSCs成骨分化功能.

摘要： 利用离子对反相液相色谱(IP-RPLC)对寡核苷酸在混合离子对试剂三乙胺/丙胺-乙酸盐(TEA/PA-AA)体系下的保留行为进行了研究,并与经典离子对试剂三乙胺乙酸盐(TEAA)体系下的保留行为进行了对比.实验结果表明,相同离子对试剂浓度下,寡核苷酸在TEA/PA-AA体系下的保留均弱于TEAA体系下的保留,且寡核苷酸的保留均随着离子对试剂浓度(20～120 mmol/L)的增加而增强.同型寡核苷酸(dC)n作为特例,当n>10时,保留基本趋于稳定,这是由于(dC)n随着离子对试剂浓度的增加保留增长较快,在较低的离子对试剂浓度下即可达到最大保留.同时发现,短链同型寡核苷酸(dT)n和异型寡核苷酸在TEA/PA-AA体系下的分离均优于TEAA体系,而同型寡核苷酸(dA)n和(dC)n的分离则在TEAA体系下更优.通过研究流动相中离子对试剂总浓度c p与寡核苷酸保留因子k之间的关系,推断出2种体系下寡核苷酸的保留机理均以离子对模型占主导地位.总体而言,分离相同长度的异型寡核苷酸时,TEA/PA-AA混合离子对体系尤其在中等离子对浓度下比TEAA体系具有明显优势,低的离子对试剂浓度可增加与后续电喷雾质谱(ESI-MS)的兼容性,有利于寡核苷酸的定性分析.

摘要： 世纪之交的十余年,反义寡核苷酸(antisense oligonucleotides,AS-ONs)作为治疗性药物,因受限于稳定性、药物递送、作用机制等核心技术问题,经历了发展低谷期.2016年一年间,先后有2个AS-ONs药物获批上市,标志着此类药物在关键技术上取得了突破性进展,重新回到生物技术药物研发的主舞台.大批新一代针对感染、恶性肿瘤、杜氏肌营养不良等适应证的AS-ONs进入临床试验,再次显示了其在基因治疗领域令人期待的广阔前景.本文就AS-ONs药物的发展代次更迭进行了扼要梳理,并对新代次AS-ONs药物的定量分析与药动学研究进展予以综述.

摘要： 寡核苷酸能够针对特定致病基因进行特异性干扰,是当前肿瘤、炎症等疾病治疗的新热点;但生物学稳定性差、体内半衰期短、核酸酶降解、对细胞膜的渗透性低、靶部位浓度低等缺点使其难以直接作为治疗药物.药物传递系统是目前常用的解决寡核苷酸递送问题的方案,其中,微球制剂以其能够提高药物稳定性、控制药物平稳释放等特点成为解决寡核苷酸递送问题的新热点.寡核苷酸药物可以直接包载或与阳离子材料形成复合物后包载进入微球.本文综述了近年来微球制剂在寡核苷酸递送系统中的研究进展.

摘要： 寡核苷酸是生物医学和生命科学领域研究的一种基本工具,并被开发为基因靶向治疗药物,用于抗病毒、抗肿瘤和治疗遗传性疾病.本文提出了一种新的基于热循环的寡核苷酸扩增方法,称为"聚合酶-内切酶扩增反应"(Polymerase-endonuclease amplification reaction,PEAR),该方法采用酶催化法,使寡核苷酸等小分子核酸能够像病毒一样自我复制,大大提高寡核苷酸产品的纯度.这种新的寡核苷酸生产方法具有很多优点,能解决目前寡核苷酸制造中的诸多问题.PEAR产物无需经过任何处理,无需加入新的引物和模板,直接作为'种子'进行二次扩增.与化学合成法相比,该技术不需要昂贵的生产设备,大大降低了生产成本,而且工艺很容易放大,用于大规模生产修饰寡核苷酸.目前该方法已成功制备硫代修饰寡核苷酸分子,可用于生产高纯度的寡核苷酸类基因药物,将有助于推动寡核苷酸药物的发展.

摘要： STAT3在人类多种肿瘤细胞系及肿瘤组织标本中存在过度激活现象，且STAT3过度激活与肿瘤恶性进展及不良预后相关。STAT3已成为肿瘤基因治疗新的研究靶点，但STAT3信号通路与卵巢癌的研究尚处于初级阶段。本研究的在于运用诱骗寡核苷酸技术靶向调控STAT3，探讨STAT3诱骗寡核苷酸(STAT3 decoy ODN)对卵巢癌细胞 体外增殖、侵袭活性的影响及相应的分子学机制；并建立卵巢癌裸鼠模型，研究STAT3 decov ODN体内抗瘤效应以及对裸鼠重要脏器的影响，以全面分析STAT3 decoy ODN的生物学效应。

摘要： 寡核苷酸,是一类约有20个碱基对的短链核苷酸的总称,用于基因芯片、电泳、荧光原位杂交等过程中DNA或RNA结构的确定,或者作为引物和探针用于PCR扩增反应,对目的核酸序列进行扩增检验.

摘要： 目的：研究hsa-miR-21-3p对人食管癌细胞Eca9706侵袭和迁移能力的影响.方法：应用寡核苷酸hsa-miR-21-3p拟似物和阴性对照转染Eca9706细胞后,用实时荧光定量PCR检测转染后hsa-miR-21-3p的表达水平,通过Transwell体外侵袭实验和划痕愈合实验分别观察hsa-miR-21-3p对Eca9706细胞的侵袭和迁移能力的影响.结果：与对照组相比较,hsa-miR-21-3p mimics转染组细胞中hsa-miR-21-3p表达升高;Transwell体外侵袭实验表明hsa-miR-21-3p的过表达显著增强食管癌细胞的侵袭能力;划痕愈合实验结果显示,转染hsa-miR-21-3p mimics的细胞迁移能力比对照组增强.结论：hsa-miR-21-3p的高表达可以使人食管癌细胞Eca9706的侵袭能力和迁移能力增强,提示其可能参与了肿瘤的发展过程,发挥着癌基因样的作用,有可能成为食管癌早期诊断的标志物和分子治疗的新靶标.

摘要： 目的：使用间隔区寡核苷酸分型(Spoligo typing)对吉林省333株结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型.方法：收集吉林省内结核分枝杆菌临床分离株,应用Spo ligo typing方法进行基因分型研究.基因聚类分析采用BioNumerics软件.结果：共在吉林省内收集到333株结核分枝杆菌临床分离株,可分为2个基因群,即北京家族(Beijing family)或称北京基因型(Beijing genotype),非北京家族(non-Beijing family),分别占89.5％(298/333)和10.5％(35/333),29种基因型.其中22株为独特类型,余311株分为7簇.北京家族菌株中,95.0％(283/298)为典型北京家族,非北京家族菌株表现为高度的基因多态性,可分为19个基因型,16株为独特的基因型.结论：吉林省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性.

摘要： 对5组合成的C富集寡核苷酸片段在六氟异丙醇或三乙胺醋酸缓冲系中进行高压液相梯度洗脱和飞行时间质谱扫描,发现5'端碱基的疏水性影响寡核苷酸片段保留时间和总离子强度；六氟异丙醇缓冲系易产生较高电荷态的分子离子,三乙胺醋酸缓冲系则以低电荷态分子离子为主；高电荷态的母离子更易产生单个碱基的子离子,而低电荷态的母离子更易产生序列离子.可见LC-MS能对寡核苷酸片段的碱基相对含量、碱基的序列顺位进行判断,定性研究片段结构特征.

摘要： 目的：研制黄热病毒与流感病毒及其分型集合检测芯片。rn 方法：设计并合成60mer寡核苷酸(Oligo)探针用于制备检测芯片。提取黄热病、甲型流感病毒核酸，以限制性显示技术进行扩增标记，完成杂交后对芯片进行扫描和数据分析。rn 结果：Oligo探针与相应的荧光标记样本杂交后，大部分能检测出阳性荧光信号，而空白对照和阴性对照均为阴性信号。rn 结论：寡核苷酸芯片技术可应用于多种病毒的检测及分型，从而为多种病毒感染的早期鉴别诊断提供科学依据。

摘要： @@为了探讨间隔区寡核苷酸分型(Spacer oligotyping，Spiligotyping)和数目可变串联重复序列-结核分枝杆菌散在分布重复单元(Variable number tandem repeats-mycobacterial interspersed repetitive unit，VNTR-MIRU)基因分型法用于国内牛分枝杆菌的基因分型研究，初步了解我国牛分枝杆菌基因型种类、分布以及2种方法在我国应用的可行性。本研究收集东北、西北、华北、华南四个地区分离的10株牛分枝杆菌分离株，分别采用Spiligotyping 和VNTR-MIRU 对这些分离株进行基因分型，比较两种方法的分型效果，评价其在牛分枝杆菌基因分型中的应用。

摘要： 目的：应用基因表达谱芯片检测绝经后盆腔器官脱垂(POP)患者与绝经后非POP患者子宫主韧带组织中差异表达的基因，探讨POP发生的分子机制。rn 方法：选择2007年1-5月在北京协和医院妇产科手术的绝经后POP患者3例为POP组，同期因妇科良性疾病行子宫全切除术的绝经后非POP患者3例为对照组。获取两组患者的子宫主韧带组织，进行组织来源确定及形态学观察;应用基因表达谱芯片筛选两组子宫主韧带组织中的差异表达基因，并进行功能分析;采用实时荧光定量PCR技术验证所筛选的差异表达基因的表达水平。rn 结果：POP组患者子宫主韧带组织中胶原纤维与平滑肌束失去正常的排列，形态紊乱，可见胶原纤维断裂，平滑肌束细碎。采用基因表达谱芯片共筛选出179个差异表达的基因，其中包括20个功能未知的基因。107个基因在POP组中表达上调，72个基因在POP组中表达下调。差异基因涉及多种功能蛋白和代谢通路，其中Wnt信号传导通路的变化最显著(P=0.000)。实时荧光定量PCR技术检测证实，COLIAI、DKKI、SFRPI、FZD5、WNTI6b基因在POP组中的表达水平分别为2.98±1.40、3.03±0.48、8.13±4.42、5.19±3.50141和12.40±3.88,均明显高于对照组(分别为1.09±0.08、1.20±0.18、0.41±0.51、0.87±0.24和1.40±0.47，P＜0.05),与芯片检测结果一致。rn 结论：POP的病理生理过程复杂。涉及多种功能蛋白和代谢通路，其中Wnt信号传导通路拮抗剂DKKI、SFRPI介导的神经退行性病变可能与POP的发病密切相关。

摘要： 本发明提供寡核苷酸的制备方法，其包括：(1)在非极性溶剂中，使其中5’位羟基未被保护的核苷、核苷酸或寡核苷酸(a)等，与其中5’位羟基被保护的核苷、核苷酸或寡核苷酸(b)缩合，以获得含有亚磷酸三酯产物(c)的反应液的步骤；(3)使亚磷酸三酯产物(c)氧化或硫化，以获得含有其中5’位羟基被保护的寡核苷酸(d)的反应液的步骤；(4)将寡核苷酸(d)脱保护，以获得含有其中5’位羟基未被保护的寡核苷酸(e)的反应液的步骤；和(6)向含有寡核苷酸(e)的反应液中添加极性溶剂，并通过固液分离或萃取来纯化寡核苷酸(e)的步骤。

摘要： 本发明涉及一种针对存在单核苷酸多态性的靶核酸使用的单核苷酸多态性检测用寡核苷酸探针，其包含报告区域、锚固区域和接头区域。报告区域具有由在单核苷酸多态性的核苷酸为第一核苷酸时完全匹配、在为除第一核苷酸以外时不匹配的碱基序列构成的寡核苷酸、和报告区域与靶核酸杂交时发生消光的荧光色素。

摘要： 本发明涉及使用部分立体限定的寡核苷酸子文库，鉴定反义寡核苷酸的改进的立体限定的硫代磷酸酯寡核苷酸变体的方法。这些方法允许高效鉴定具有改进特性的立体限定的变体，如增强的体外或体内活性、增强的功效、增强的比活性、降低的毒性、改变的生物分布、增强的细胞或组织摄取和/或增强的靶特异性(脱靶效应减少)。本文公开了多个平行的文库筛选方案，其中优化立体限定的硫代磷酸酯连接的核苷的多个排他性或重叠性短子区域或基序，以鉴定增强的子文库，并且随后合并来自每个选定(改进的)子文库的立体限定的核苷间键样式，以产生增强的立体限定的化合物。

摘要： 一种寡核苷酸衍生物，由通过下述一般式（一般式中，B表示腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶或尿嘧啶，X表示硫原子或氧原子，n表示6～60的整数。）表示的重复结构单元（所述一般式中，B以及X，在各个重复结构单元中独立表示）构成，且所述一般式表示的重复结构单元中至少有一个其X是硫原子。

摘要： 本发明涉及寡核苷酸引物对、寡核苷酸组合物和包括寡核苷酸组合物的试剂盒及其检测方法，由序列为TGAYGGGCGACAATGTCC的上游引物PRRSVNSP2-F和序列为CGCAGACAAATCCAGAVG的下游引物PRRSVNSP2-R组成。本发明与现有技术相比具有以下优点：1、能够对PRRSV经典株与高致病性变异株进行鉴别诊断，解决了临床样品检测中不能区分PRRSV经典株或高致病性变异株单独感染亦或共同感染的问题；2、特异性好，针对PRRSVNSP2具有高保守区设计引物，特异性强，无假阳性出现；3、灵敏度高，该方法的敏感性可达1TCID50/mL；4、简便快速。

摘要： 本发明提供寡核苷酸的制备方法，其包括：(1)在非极性溶剂中，使其中5’位羟基未被保护的核苷、核苷酸或寡核苷酸(a)等，与其中5’位羟基被保护的核苷、核苷酸或寡核苷酸(b)缩合，以获得含有亚磷酸三酯产物(c)的反应液的步骤；(3)使亚磷酸三酯产物(c)氧化或硫化，以获得含有其中5’位羟基被保护的寡核苷酸(d)的反应液的步骤；(4)将寡核苷酸(d)脱保护，以获得含有其中5’位羟基未被保护的寡核苷酸(e)的反应液的步骤；和(6)向含有寡核苷酸(e)的反应液中添加极性溶剂，并通过固液分离或萃取来纯化寡核苷酸(e)的步骤。

摘要： 本发明涉及一种针对存在单核苷酸多态性的靶核酸使用的单核苷酸多态性检测用寡核苷酸探针，其包含报告区域、锚固区域和接头区域。报告区域具有由在单核苷酸多态性的核苷酸为第一核苷酸时完全匹配、在为除第一核苷酸以外时不匹配的碱基序列构成的寡核苷酸、和报告区域与靶核酸杂交时发生消光的荧光色素。

摘要： 本发明提供以下述式(I)表示的立体控制寡核苷酸合成用光学活性片段及其制造方法、以及使用其的立体控制寡核苷酸的合成方法。式中，B为保护/未保护核苷碱基，R1为取代/未取代脂肪族基团，R2、R3为DMTr基或‑P(R11)(NR12)2，R11为OCH2CH2CN、SCH2CH2CN等，R12为取代/未取代的脂肪族基团或芳香族基团；X为H、烷基、O‑烷基等，Y为H、NHR13、卤素等或酰基类、醚类、硅烷基类保护羟基，或者在与X之间形成X‑Y键，n为0以上且4以下的整数。

摘要： 本发明提供一种使用容易获得的氟标记能够减小提纯负荷的多氟嵌段聚体以及使用其的寡核苷酸合成方法。合成由下述式子表示的多氟嵌段聚体，B为天然型或修饰核碱基；R1是在酸性或中性条件下能够脱保护的保护基；R3是磷酸保护基；Pro是无保护、保护或F‑protector，在核苷碱基B的被保护部为O的情况下是O(CH2)n(CF2)mCF3，在核苷碱基B的被保护部为N的情况下是NH(C＝O)(CH2)n(CF2)mCF3，n为1或2，m为1～20的整数；X为O或S；l为0至58的整数；R7是(C＝O)(CH2)2(C＝O)(CH2)n(CF2)mCF3或甲硅烷基类保护基、n为1或2，m为1～20的整数。

摘要： 本发明公开了一种寡核苷酸合成装置及其方法。该寡核苷酸合成装置包括反应室、分液板、活动塞、反应柱以及密封组件，所述反应室具有反应槽，所述分液板安装于所述反应槽内，所述分液板上贯穿有进液通道，所述活动塞位于所述反应槽内，所述活动塞与所述反应槽的内壁动密封配合且与所述分液板形成储液腔，所述反应室和/或所述活动塞上设置有与所述储液腔连通的出液孔，所述反应室上设置有与所述储液腔连通的进液孔与进气孔，所述反应室内设置有所述反应柱，所述反应柱分别与所述进液通道对应，密封组件能够分别密封或者开启各个所述反应柱的其中一端。该寡核苷酸合成装置合成质量高，合成效率高。