DNA序列

摘要： 针对图像数据量大、相邻像素相关性强、清晰度要求高等问题,提出了一种基于改进的二维Logistic混沌映射与DNA序列运算相结合的分组图像加密算法。首先利用明文图像通过散列函数计算得到改进的二维Logistic混沌映射控制参数初始值,并代入改进的二维Logistic混沌产生随机密钥序列;然后将密钥序列与DNA序列和与Feistel分组加密网络相结合对灰度图像进行加密;最后对得到的密文图像进行安全性分析。实验仿真结果表明,所提算法能够抵抗各种统计攻击及选择明文攻击,具有良好的安全性。

摘要： 本文基于共同前缀标识符,通过环形前缀树法构建DNA序列的环形前缀树,得到能够表征序列信息的前缀集,去除生物序列长度对序列间距离计算的影响的同时并考虑序列对的共同前缀位置等因素,创建了一种新的非比对方法——基于共同前缀的位置差法,选取含有80条哺乳动物的mtDNA序列的数据集作为测试对象,运用邻接(Neighbor-Joining)法构建系统发育树,快速且准确地得到符合生物学分类的结果。

摘要： 为更准确识别核小体定位,本文提出一种基于Z曲线理论(Z-Curve)的卷积神经网络(CNN)方法,称为ZCN方法.ZCN方法以Z曲线三维坐标矩阵表示核小体序列特征,通过十倍交叉验证,进行卷积神经网络方法进行模型训练和验证,使用标准评估指标进行性能评价.结果表明:ZCN方法在酵母中具有良好的识别效能,敏感性Sn、准确性Sp、ROC曲线面积分别为92.4％、90.2％和0.9704,可推广到人类、线虫和果蝇的核小体定位识别中,其ROC曲线面积分别为0.796、0.940和0.772,与其他方法比较,进一步证实ZCN方法具有较好的识别效能和可推广性.在酵母全基因组进行核小体定位预测,发现16条染色体的预测准确率均值为78.83％,在基因GAL和GAL10中进行核小体定位预测,研究了降低假阳性的方法,给出了预测核小体定位的图谱.ZCN方法为研究核小体定位识别、预测及功能分析提供了有价值的方法和指导.

摘要： CRISPR技术将数据存入活细胞DNA美国哥伦比亚大学研究团队使用CRISPR基因编辑技术,将编码二进制数据的特定DNA序列插入细菌细胞。通过将这些DNA序列的不同排列分配给不同英文字母,研究人员将文本消息"hello world!"成功编码进了大肠杆菌细胞内的DNA中。研究人员表示,活细胞内的DNA是一种更稳定的介质,可以在无法预测的条件下长期保存。

摘要： 地球上的有机生命,都由几十亿年前的同一个祖先演化面来。DNA序列揭示了我们与其他华物种中的相似程度运超你的想象!黑猩猩:相似度96%黑猩猩是除矮黑猩摆外最近的人类祖先。在基因对比研究中,科学家们发现了一种特定的指导基因表达的DNA,正是它让我们拥有了更大更复杂的大脑,从猩猩变成了人类。

摘要： 破译DNA序列所代表的信息是基因组研究的基本问题之一。基因调控编码由于存在多义性关系而变得非常复杂,而以往的生物信息学方法往往无法捕捉到DNA序列的隐含信息,尤其是在数据匮乏的情况下。因而从序列信息中预测DNA序列的结构和功能是计算生物学的一个重要挑战。为了应对这一挑战,我们引入了一种新的方法,通过使用自然语言处理领域的语言模型BERT将DNA序列表示为连续词向量。通过对DNA序列进行建模,BERT有效地从未标记的大数据中捕捉到了DNA序列中的序列特性。我们将DNA序列的这种新的嵌入表示称为DNAVec (DNA-to-Vector)。此外,我们可以从模型中提取出预训练的词向量用于表示DNA序列,用于其他序列级别的分类任务。

摘要： 针对图像数据量大、相邻像素相关性强、清晰度要求高等问题,提出了一种基于改进的二维Logistic混沌映射与DNA序列运算相结合的分组图像加密算法.首先利用明文图像通过散列函数计算得到改进的二维Logistic混沌映射控制参数初始值,并代入改进的二维Logistic混沌产生随机密钥序列;然后将密钥序列与DNA序列和与Feistel分组加密网络相结合对灰度图像进行加密;最后对得到的密文图像进行安全性分析.实验仿真结果表明,所提算法能够抵抗各种统计攻击及选择明文攻击,具有良好的安全性.

摘要： 新型冠状病毒于2020年1月正式命名为2019-nCoV,时至今日该病毒的传播仍然没有得到良好的控制。病毒的DNA碱基序列在病毒的性状中起着决定性的作用,本文分析了四个国家(中国,美国,澳大利亚,德国)新冠病毒DNA之间的差异。选择各国新冠病毒DNA序列,以信息熵,相对熵,交叉熵的形式给出四国病毒之间差异的可视化分析。

摘要： 本文在广泛搜集标本材料的基础上,对伪安蛛属Pseudanapis 2个广布种:阿罗哈伪安蛛Paloha Forster,1959和均眼伪安蛛P.parocula(Simon,1899)进行了重新研究,提供了详细描述、高清彩色照片和这2种伪安蛛的16S等5个基因片段分子数据,并提出申伯格伪安蛛P.schauenbergi Brignoli,1981为阿罗哈伪安蛛P.aloha Forster,1959的新异名(n.syn.).此外,阿罗哈伪安蛛为中国、泰国和斐济的新记录,均眼伪安蛛为泰国和新加坡的新记录.

摘要： 本文提出一种基于DNA序列和动态索引扩散的图像加密算法以提高加密算法的效率、增强加密算法的安全性.首先,采用SHA-256哈希函数产生与明文相关的初始值;然后,对明文图像进行随机编码得到DNA矩阵,使用新型混淆方案直接对DNA矩阵进行处理;之后,对混淆后的DNA矩阵进行随机解码得到中间密码图像;最后,利用动态索引扩散方案对中间密码图像进行扩散获得密文图像.实验结果及安全性分析表明,算法具有良好的加密效果,具有较高的敏感性,能够有效抵抗差分攻击、统计分析攻击等各种攻击.此外,该算法具有较高的加密效率,可满足实际应用的要求.

摘要： 遗传毒性是指外源性因素与遗传物质(DNA)相互作用,引起核酸或其组分改变,导致其失活和/或其结构修饰和/或其功能修饰的毒性.遗传毒理学评价的主要目的是鉴定和评价外源性因素与核酸特定地的相互作用或具有改变基因组信息表达能力的遗传危害性,即遗传毒性.遗传毒性的主要类型有;DNA损伤(主要类型包括共价结合、插入/嵌入、交联和链断裂),基因突变,染色体的致断裂性和非整倍性,在缺乏任何可鉴定的DNA序列变化情况下基因表达改变所致的表遗传效应.

摘要： 遗传毒性是指外源性因素与遗传物质(DNA)相互作用,引起核酸或其组分改变,导致其失活和/或其结构修饰和/或其功能修饰的毒性.遗传毒理学评价的主要目的是鉴定和评价外源性因素与核酸特定地的相互作用或具有改变基因组信息表达能力的遗传危害性,即遗传毒性.遗传毒性的主要类型有;DNA损伤(主要类型包括共价结合、插入/嵌入、交联和链断裂),基因突变,染色体的致断裂性和非整倍性,在缺乏任何可鉴定的DNA序列变化情况下基因表达改变所致的表遗传效应.

摘要： 遗传毒性是指外源性因素与遗传物质(DNA)相互作用,引起核酸或其组分改变,导致其失活和/或其结构修饰和/或其功能修饰的毒性.遗传毒理学评价的主要目的是鉴定和评价外源性因素与核酸特定地的相互作用或具有改变基因组信息表达能力的遗传危害性,即遗传毒性.遗传毒性的主要类型有;DNA损伤(主要类型包括共价结合、插入/嵌入、交联和链断裂),基因突变,染色体的致断裂性和非整倍性,在缺乏任何可鉴定的DNA序列变化情况下基因表达改变所致的表遗传效应.

摘要： 遗传毒性是指外源性因素与遗传物质(DNA)相互作用,引起核酸或其组分改变,导致其失活和/或其结构修饰和/或其功能修饰的毒性.遗传毒理学评价的主要目的是鉴定和评价外源性因素与核酸特定地的相互作用或具有改变基因组信息表达能力的遗传危害性,即遗传毒性.遗传毒性的主要类型有;DNA损伤(主要类型包括共价结合、插入/嵌入、交联和链断裂),基因突变,染色体的致断裂性和非整倍性,在缺乏任何可鉴定的DNA序列变化情况下基因表达改变所致的表遗传效应.

摘要： DNA序列是生物遗传信息的载体。采用了按分子量大小顺序排列的碱基数字编码的方法,将每个位点的碱基(A,T,G,C)编码方式转化成数值编码方式,其中对每个碱基的分子量进行了权重计算,得出每个碱基对的数值.该编码方式能够满足两两互补碱基组合所得数值相等的条件,为以后的逻辑分析提供合理数据.

摘要： DNA序列是生物遗传信息的载体。采用了按分子量大小顺序排列的碱基数字编码的方法,将每个位点的碱基(A,T,G,C)编码方式转化成数值编码方式,其中对每个碱基的分子量进行了权重计算,得出每个碱基对的数值.该编码方式能够满足两两互补碱基组合所得数值相等的条件,为以后的逻辑分析提供合理数据.

摘要： DNA序列是生物遗传信息的载体。采用了按分子量大小顺序排列的碱基数字编码的方法,将每个位点的碱基(A,T,G,C)编码方式转化成数值编码方式,其中对每个碱基的分子量进行了权重计算,得出每个碱基对的数值.该编码方式能够满足两两互补碱基组合所得数值相等的条件,为以后的逻辑分析提供合理数据.

摘要： DNA序列是生物遗传信息的载体。采用了按分子量大小顺序排列的碱基数字编码的方法,将每个位点的碱基(A,T,G,C)编码方式转化成数值编码方式,其中对每个碱基的分子量进行了权重计算,得出每个碱基对的数值.该编码方式能够满足两两互补碱基组合所得数值相等的条件,为以后的逻辑分析提供合理数据.

摘要： 结合混沌系统和DNA密码学,提出了一种基于DNA序列的彩色图像加密算法,该算法应用了DNA序列的加法、减法、异或运算,并且把彩色图像分解为位平面进行处理.首先对彩色图像位平面分解、DNA编码;然后对DNA平面置乱、DNA加法运算、DNA异或运算;最后进行DNA解码、位平面合并,得到密文图像.实验结果表明,原始图像加密后的图像类似噪声,加密后的直方图变得更平滑,对密钥有很高的敏感性,密文图像的随机性好,密文图像相邻像素之间相关性低.

摘要： 结合混沌系统和DNA密码学,提出了一种基于DNA序列的彩色图像加密算法,该算法应用了DNA序列的加法、减法、异或运算,并且把彩色图像分解为位平面进行处理.首先对彩色图像位平面分解、DNA编码;然后对DNA平面置乱、DNA加法运算、DNA异或运算;最后进行DNA解码、位平面合并,得到密文图像.实验结果表明,原始图像加密后的图像类似噪声,加密后的直方图变得更平滑,对密钥有很高的敏感性,密文图像的随机性好,密文图像相邻像素之间相关性低.

摘要： 公开了用于检测样品中靶核酸的方法。该方法包括在聚合酶和核酸内切酶的存在下将所述样品与序列转换寡核苷酸接触。还公开了用于检测样品中靶核酸的方法，其中在聚合酶和核酸内切酶的存在下将所述样品与序列转换寡核苷酸和信号扩增寡核苷酸接触。本发明还提供了组合物和试剂盒，其包含这些序列转换和信号扩增寡核苷酸。

摘要： 本发明涉及一种构建目的序列DNA文库的试剂盒及目的序列DNA文库的构建方法。该试剂盒包括：目的序列扩增试剂，用于从待测样本中扩增目的序列得到第一样本；消化试剂，用于去除第一样本中的引物得到第二样本，消化试剂包括0.2U/uL～2U/uL的UDG酶、0.2U/uL～5U/uL的Fpg酶、0.2U/uL～4U/uL的聚合酶及0.2U/uL～2U/uL的T4多聚核苷酸激酶；及连接试剂，用于对第二样本接上接头得到目的序列DNA文库。上述试剂盒的构建的文库质量较好、测序覆盖度较高且均一性较好。

摘要： 本发明涉及调节序列的系统说明及鉴别。本发明提供了可以鉴别调节序列的筛选和检测方法。本发明还提供了调节序列及其在各种领域中的应用，例如但不限于蛋白质生产、诊断、转基因植物及动物，及治疗领域。

摘要： 本发明涉及编码具有漆酶活性的蛋白质且含有DNA序列SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2之一的DNA序列。本发明进而涉及这些DNA序列的表达,这些DNA序列编码的嗜热漆酶,及其在纸浆的去木质化、高分子量聚集物的解聚、废纸的去墨渍、废水尤其是纸浆漂白后含木质素的废水中的芳香化合物的聚合、染料的氧化、或者染料的活化以形成颜料中的应用以及其在有机合成上用于芳香化合物的偶联反应或者芳香侧链的氧化作用中的应用。

摘要： 本发明公开了一种DNA序列检测方法，通过目标探针获取待定位序列信息；根据所述待定位序列信息得到目标探针；将所述目标探针与待检测DNA分子结合，得到预处理DNA分子；对所述预处理DNA分子进行纳米孔测序，得到所述待定位序列信息对应的碱基片段的位置信息。本发明通过使用所述目标探针对所述待测DNA分子进行定向修饰，换句话说，将根据所述待定位序列信息确定的目标探针与所述待测的DNA分子中的目标序列结合，增大目标序列的空间位阻，使目标序列通过纳米孔时的电流变化更剧烈，实现提升信噪比，进而提升DNA过孔信号的分辨率的目的。本发明同时还提供了一种具有上述有益效果的DNA序列检测设备。

摘要： 本申请涉及生物技术领域，提供了一种人线粒体DNA全序列扩增的方法，包括：设计人线粒体DNA全序列扩增的单一对引物，所述单一对引物的序列如下：正向引物：5’‑CTAACCTGAATCGGAGGACAACC‑3’，反向引物：5’‑AATGAGGAGGTCTGCGGCTAG‑3’；以人线粒体DNA为模板，采用单一对引物对人线粒体DNA进行PCR扩增，得到人线粒体DNA全序列。本申请提供的方法，采用一对引物把整个人线粒体扩增区域达到了16569bp，完整扩增整个环形线粒体DNA，可覆盖环形线粒体DNA上所有可能的突变类型。与现有的技术相比，该方法提升了检测的范围，大幅度降低了漏检的可能性。

摘要： 本发明涉及一种构建目的序列DNA文库的试剂盒及目的序列DNA文库的构建方法。该试剂盒包括：目的序列扩增试剂，用于从待测样本中扩增目的序列得到第一样本；消化试剂，用于去除第一样本中的引物得到第二样本，消化试剂包括0.2U/uL～2U/uL的UDG酶、0.2U/uL～5U/uL的Fpg酶、0.2U/uL～4U/uL的聚合酶及0.2U/uL～2U/uL的T4多聚核苷酸激酶；及连接试剂，用于对第二样本接上接头得到目的序列DNA文库。上述试剂盒的构建的文库质量较好、测序覆盖度较高且均一性较好。

摘要： 公开了用于检测样品中靶核酸的方法。该方法包括在聚合酶和核酸内切酶的存在下将所述样品与序列转换寡核苷酸接触。还公开了用于检测样品中靶核酸的方法，其中在聚合酶和核酸内切酶的存在下将所述样品与序列转换寡核苷酸和信号扩增寡核苷酸接触。本发明还提供了组合物和试剂盒，其包含这些序列转换和信号扩增寡核苷酸。

摘要： 本发明包括一种长度为2646bp的核苷酸序列，其中从无色杆菌属CCM4824(古生睾酮丛毛单胞菌子CCM 4824)中得到的该核苷酸序列具有编码青霉素酰化酶的核苷酸序列的特征，最终该序列片断至少由150个核苷酸组成。该序列可用于形成一种DNA结构，最后得到的结构至少有一个调控序列来调控基因表达和具有青霉素酰化酶活性的多肽的产生。该序列可以成为一个含有上述结构、启动子、转译启动信号和转译转录终止信号的重组表达载体的一部分。此外，本发明还涉及一种重组宿主细胞，含有被载体携带或细胞基因组中的核酸，以及一种大肠杆菌菌种BL21，它含有质粒pKXIP1，pKLP3和pKLP6携带的，可以编码青霉素酰化酶的核苷酸序列。

摘要： 本发明涉及调节序列的系统说明及鉴别。本发明提供了可以鉴别调节序列的筛选和检测方法。本发明还提供了调节序列及其在各种领域中的应用，例如但不限于蛋白质生产、诊断、转基因植物及动物，及治疗领域。