随机扩增多态性DNA(RAPD)

摘要： 以云南、广东的广藿香为研究对象,采用气相色谱-质谱(GC-MS)联用技术对其挥发油的化学成分进行定性和定量分析,通过SIMCA+P进行主成分分析,利用RAPD技术进行分子学鉴定.GC-MS分析表明:从云南、广东的广藿香挥发油中分别鉴定出了48种、33种化学成分,其中30个成分相同,其主要成分基本一致,均为百秋李醇、苍术素、反式石竹烯.但其挥发油中百秋李醇含量差异较明显,云南广藿香中为28.53％,广东广藿香中为42.28％,相差13.75％.主成分分析表明:云南、广东的广藿香挥发油存在一定的差异.RAPD分析表明:虽然不同产地广藿香的品种亲缘关系较近,但筛选出了6条特异性引物,即OPB11、S227、OPD13、OPD70、OPD19、OPA07,可鉴别与区分云南、广东产地的广藿香,为广藿香提供了分子学鉴定依据.该研究为广藿香的可持续开发提供了应用基础.

摘要： 利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对青岛鳌山卫和红岛的2个四角蛤蜊(Mactra veneriformis)自然群体进行了遗传多样性研究.本研究筛选了15条随机引物,其中有8条引物均存在于2个自然群体中.2个自然群体各36个四角蛤蜊共产生82个扩增片段,即每条引物获得2～6个大小不等的片段.2个群体共检测出37个多态性位点,平均多态位点数5.125个,其中鳌山卫四角蛤蜊多态位比例(0.53)高于红岛的(0.50).此外,本研究得到6个与四角蛤蜊壳高、壳长、壳宽及体质量呈显著相关的随机扩增多态性DNA(RAPD)位点,有助于利用RAPD标记技术为四角蛤蜊新品种选育.

摘要： To screen genetic polymorphisms of Panax ginseng, as well as those of Panax quinquefolium and Panax notoginseng,analysis of random amplified polymorphic DNA(RAPD)was performed using 120 random primers.Of the successful amplicons obtained, the Panax ginseng-specific RAPD marker C-12 was cloned into a TA vector and sequenced (GenBank access number KU553472). Based on the sequence analysis results, a pair of primers specific to C-12 was designed. Finally, a SCAR marker-based identification system for Panax ginseng was developed after optimization of the reaction conditions. Using this method, two positive bands were stably observed at 300 bp and 130 bp in 33 batches of Panax ginseng samples tested, while negative results were obtained for another 101 batches of samples, including Panax quinquefolium, Panax notoginseng, adulterants, and other medicinal herbs. Thus, we successfully developed a PCR-based method for rapid and effective identification of Panax ginseng, which can be effectively used for the protection and utilization of germplasm resources and identification of the origins of Panax ginseng samples.%为了研究人参、西洋参和三七的基因多态性,使用120条随机引物进行了随机扩增多态性DNA分析.将筛选获得的人参特异性RAPD标记C-12进行T-A克隆、测序(GenBank登录号KU553472).根据序列分析结果,设计了一对特异性引物,经优化反应条件,建立了人参的SCAR标记鉴别体系.在所有的33批人参标本中,均能稳定地获得约300 bp和130 bp的2条阳性扩增带;在混伪品以及西洋参、三七和其他中药材共计101批标本中均为阴性扩增.因此,建立了一种快速、有效的能准确、特异性地鉴别人参的PCR方法,可用于人参的种质资源保护、利用及其基原鉴定.

摘要： 为了研究人参、西洋参和三七的基因多态性，使用120条随机引物进行了随机扩增多态性DNA分析。将筛选获得的人参特异性RAPD标记C-12进行T-A克隆、测序（GenBank登录号KU553472）。根据序列分析结果，设计了一对特异性引物，经优化反应条件，建立了人参的SCAR标记鉴别体系。在所有的33批人参标本中，均能稳定地获得约300bp和130bp的2条阳性扩增带；在混伪品以及西洋参、三七和其他中药材共计101批标本中均为阴性扩增。因此，建立了一种快速、有效的能准确、特异性地鉴别人参的PCR方法，可用于人参的种质资源保护、利用及其基原鉴定。

摘要： 本研究旨在分析婴儿粪便长双歧杆菌的多样性,采用改良MRS培养基从哈尔滨地区健康婴儿粪便中分离双歧杆菌,采用生理生化实验结合16S rDNA和热应激蛋白60基因(heat-shock protein 60,hsp60)同源性分析鉴定分离株,利用同源性分析及随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphismdNA,RAPD)、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术进一步分析长双歧杆菌多态性.实验从11个婴儿体内分离得到18株厌氧的细菌菌株,经形态学分析、生理生化实验、16SrDNA测序及hsp60测序实验发现,其中7株为长双歧杆菌长亚种,3株为长双歧杆菌婴儿亚种.RAPD和MLST结果表明:7株长双歧杆菌长亚种为6个基因型,3株长双歧杆菌婴儿亚种为2个基因型,上述结果说明不同人源婴儿粪便长双歧杆菌基因型差异较大.%The aim of this experiment was to study the diversity of Bifidobacterium longum isolated from infant feces. Using modified MRS medium, bifidobacterial strains were isolated from the feces of healthy infants in Harbin. To identify and analyze the diversity of B.longum strains,we used physiological and biochemical experiments,16S rDNA homology analysis, heat-shock protein 60 gene (hsp60) homology analysis, random amplified polymorphism DNA (RAPD) and multilocus sequence typing(MLST).Eighteen anaerobic strains were isolated,among which,7 were identified as B.longum subsp.longum,and 3 as B.longum subsp.infantis according to morphology,physical and biochemical properties,16S rDNA homology analysis and hsp60 homology analysis.The results of RAPD and MLST showed that the 7 strains of B.longum subsp.longum belonged to 6 genotypes while the 3 strains of B.longum subsp.infantis belonged to 2 genotypes.Overall, these results showed that there were differences in the diversity of B.longum isolated from infant feces.

摘要： Psathyrostachys huashanica is an endemic species in China and possesses multi-resistance to biotic and abiotic stresses.In order to develop Ns genome-specific molecular markers of P.huashanica,random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis was performed on genome DNA of P.huashanica and wheat (Triticum aestivum) using 204 arbitrary primers.Primer OP-D15 and OP-F19 could specifically amplify fragments in P.huashanica,but not in China Spring (CS).The two Ns genome-specific sequences,named with Psh-D15 and Psh-F19,were isolated and characterized.Psh-D15 was 1 106 bp containing one copy of CAAAA motif,one pair of direct repeat as well as one pair of invert repeat.Psh-F19 was 1 344 bp long and two copies of CAAAA motif,direct repeats as well as invert repeats were also present in this sequence.The results of BLAST analysis indicated that Psh-D15 had 66％ sequence identity to a long terminal repeat (LTR) Gypsy retrotransposon which was part of sequence of T.aestivum (AM932686.1),and Psh-F 19 shared 78％ homology with LTR Copia retrotransposon which was part of sequence of T.aestivum (HG670306.1).Thus,it could be inferred that both Psh-D15 and Psh-F19 were novel Ns genome-specific repeated sequences of P.huashanica belonging to Gypsy-like and Copia-like retrotransposons,respectively.Based on the sequence information,two pairs of sequence characterized amplified region (SCAR) primers were designed from the low-homologous regions of Psh-D15 and Psh-F19,respectively,and they were designated as Psh-D15 F/R and Psh-F19 F/R.These two pairs of SCAR primers could successfully amplify target bands 270 and 558 bp,respectively,only in P.huashanica,but not in the other genetic stocks,such as Aegilops,Dasypyrum,Leymus、Elytrigia,Agropyron,Hordeum,Secale,Triticum urartu,Triticum durum and T.aestivum.This result indicated that the two novel SCAR markers could reliably and easily distinguish the chromatin of P.huashanica,thus,they could be used as Ns genome-specific markers for monitoring genetic materials of P.huashanica,and designated as Psh-D15270 and Psh-F19558.The development of species-specific markers,Psh-D15270 and Psh-F19558,provides a new tool for characterizing wheat-P.huashanica alien genetic stocks.%华山新麦草(Psathyrostachys huashanica)是我国特有的物种,表现出多种抗病以及抗逆性状.为建立华山新麦草Ns基因组特异的分子标记,本研究利用204余条随机引物对华山新麦草、普通小麦的基因组DNA进行随机扩增多态性DNA (random amplified polymorphic DNA,RAPD)标记分析,其中随机引物OP-D15和OP-F19能在华山新麦草的基因组DNA中稳定扩增出特异的DNA片段,长度分别为1 106和1 344 bp,分别命名为Psh-D15和Psh-F 19.经序列比对分析发现,Psh-D15和Psh-F19分别属于Gypsy类型和Copia类型的反转录转座子序列.随后根据其与小麦中同源序列的比对结果,在二者低同源区设计了两对特定序列扩增(sequence characterized amplified regions,SCAR)引物Psh-D 15 F/R和Psh-F 19 F/R,并利用其同时对华山新麦草、山羊草属(Aegilops)、簇毛麦属(Dasypyrum)、赖草属(Leymus)、偃麦草属(Elytrigia)、冰草属(Agropyron)、大麦属(Hordeum)、黑麦(Secale)、乌拉尔图小麦(Triticum urartu),硬粒小麦(Triticum durum),以及普通小麦(Triticum aestivum)的基因组DNA进行PCR扩增,以检验其有效性和特异性.结果表明,两对引物均只在华山新麦草的基因组DNA中扩增出了目标条带,表明这两个SCAR标记是华山新麦草的Ns基因组所特有的,分别命名为Psh-D15270和Psh-F19558.新的Ns基因组特异SCAR标记Psh-D15270和Psh-F1 9.8的开发为小麦-华山新麦草杂种材料的分子鉴定提供了新的有力工具.

摘要： 目的:分析人参属3种植物的亲缘关系及其可用于鉴别的特异性DNA片段.方法:采用随机扩增多态性DNA分子标记技术(RAPD)对人参属3种药材的基因组DNA进行多态性分析,筛选特异性片段并进行切胶回收、克隆及测序.结果:从120条随机引物中筛选出12条随机引物用于聚合酶链式反应(PCR)扩增,共扩增出111条扩增片段,其中多态性位点107,多态性百分率为96.40％;从聚类分析图可以看出:人参与西洋参的种间亲缘关系最近,聚为一类,而三七相对其他2种较远,单独聚为一类;将筛选出的显性标记的特异性片段进行切胶回收、克隆并测序获得其DNA序列.结论:aRAPD标记技术从分子水平提示了人参属3种植物的亲缘关系,并为后期的特异性鉴别提供基础.根据序列设计用于鉴别人参、西洋参、三七的特异性PCR引物,实现从理论研究向药材鉴别实际运用的转变.

摘要： 采取拮抗实验、酯酶同工酶、基因组进行多态性分析（RAPD）、内部转录间隔区序列（ITS）对来源不同的特大凤尾菇（Pleurotus sajor-caju）、夏秀990（Pleurotus geesteranus）和黑平 A3三个侧耳品种的亲缘关系进行了对比分析。实验结果表明：供试的3个侧耳品种从形态学水平、蛋白质水平和分子水平上看，其品种间亲缘关系界定具有一致性。表现为特大凤尾菇与夏秀990的亲缘关系较近，与黑平 A3的亲缘关系较远，夏秀990与黑平 A3亲缘关系较远。本研究从不同的水平，为食用菌菌种属间亲缘关系的鉴定提供了综合分析方法，对区分同种异名、杂交亲本选择以及判定杂交结果具有指导意义。%In this study the alliance among three Pleurotus of phoenix tail mushroom,xiaxiu 990 and black oyster mushroom A3 from different sources with different morphology were carried out contrast analysis. The results showed that the tested three Pleurotus species possessed the congruity among species alliance definition in morphology level, protein level and molecular level. The alliance between phoenix tail mushroom and xiaxiu 990 displayed closer,but further from black oyster mushroom A3,and the alliance between xiaxiu 990 and black oyster mushroom A3 was fur-ther. This study provided comprehensive methods to analyze the characterization of the alliance of edible fungi of inter-genus in different levels,and had directive significance to separate different name of the same species,to select hybrid parents,and to judge the results of hybridization.

摘要： 采用转录单位间隔区2(IGS2)和随机扩增多态性DNA(RAPD)技术分析了斑玉蕈不同菌株的遗传差异.结果显示,20个不同斑玉蕈菌株的IGS2序列大小不一致,长度在1150～1203bp之间,序列相似度约在95％以上.在100个随机引物中筛选出11个能够扩增出稳定带型且菌株之间带型差异明显的RAPD引物,共扩增出142条条带,特异性条带134条,多态性比例较高,表明RAPD技术对斑玉蕈菌株的扩增具有丰富的多态性,能够在DNA水平上鉴别不同菌株是否存在差异.

摘要： 用11个随机引物对荆西口蘑及其它8个不同的巨大口蘑菌株的基因组DNA进行PCR扩增,应用RAPD技术分析不同菌株的DNA序列多态性,从分子水平上验证所选育的荆西口蘑新菌株与其它巨大口蘑菌株问的遗传差异.试验结果表明荆西口蘑具有遗传特异性.

摘要： 用11个随机引物对荆西口蘑及其它8个不同的巨大口蘑菌株的基因组DNA进行PCR扩增,应用RAPD技术分析不同菌株的DNA序列多态性,从分子水平上验证所选育的荆西口蘑新菌株与其它巨大口蘑菌株问的遗传差异.试验结果表明荆西口蘑具有遗传特异性.

摘要： 用11个随机引物对荆西口蘑及其它8个不同的巨大口蘑菌株的基因组DNA进行PCR扩增,应用RAPD技术分析不同菌株的DNA序列多态性,从分子水平上验证所选育的荆西口蘑新菌株与其它巨大口蘑菌株问的遗传差异.试验结果表明荆西口蘑具有遗传特异性.

摘要： 用11个随机引物对荆西口蘑及其它8个不同的巨大口蘑菌株的基因组DNA进行PCR扩增,应用RAPD技术分析不同菌株的DNA序列多态性,从分子水平上验证所选育的荆西口蘑新菌株与其它巨大口蘑菌株问的遗传差异.试验结果表明荆西口蘑具有遗传特异性.

摘要： 本发明涉及通过随机扩增多态性DNA技术对三种不同来源地的仿刺参进行快速鉴定、区分的方法。本发明提供实现上述方法的对仿刺参进行RAPD扩增的引物、含有所述引物的试剂盒，还涉及一种快速检测仿刺参来源地的随机扩增多态性DNA方法，通过提取待测样品的DNA模板，通过如SEQ No.1所示的引物D20为随机引物进行PCR反应，然后对PCR反应产物进行电泳检测。本发明通过RAPD技术实现仿刺参来源地的快速检测，克服了现有技术鉴定仿刺参时存在的成本高、费时长等缺点。本发明只需进行一次PCR反应和一次琼脂糖凝胶电泳即能分辨大连、威海、烟台的仿刺参，具有低成本、灵敏度高的优点。

摘要： 本发明涉及一种基因组随机扩增序列SNP多态性及甲基化多态性的方法，是选取目标物种提取DNA后选择酶切位点进行酶切；设计连接接头、标签，合成带有选择标签的EcoR？I酶切位点接头；分别用EcoR？I与Msp？I、EcoR？I与HpaⅡ对样本进行酶切，再将带有选择标签的EcoR？I酶切位点接头用T4连接酶与分别对应酶切好的基因组进行连接，同时分别连接上酶切位点接头；进行PCR扩增，选择高通量的Hiseq2000双端对PCR扩增产物进行混合测序。本发明利用现代高通量测序技术，通过对基因组进行降维，提高组装准确性，降低成本，提高分子育种效率，为现在分子育种提供一个高效、便利的SNP发现与甲基化多态性为一体的方法。

摘要： 本发明公开了一种利用甲基化敏感扩增多态性（MSAP）技术筛选白棉子叶衰老相关基因的方法。其步骤如下：待棉花幼苗长至10 d左右，两片子叶完全展开后，选取长势一致的幼苗，分别用300、500和700 mg·L‑1的乙烯利涂抹子叶，同时对照用蒸馏水涂抹，经过乙烯利处理5 d后，提取子叶的基因组DNA；再通过MSAP分析，对回收的差异条带纯化和测序继而进行功能分析。本发明利用MSAP技术，分析棉花子叶经乙烯利处理后CCGG位点胞嘧啶甲基化水平和模式的变化，进而分离乙烯利诱导的甲基化差异片段，以期从基因组水平上揭示乙烯利调控棉花衰老的调控机制提供理论依据。

摘要： 本发明涉及甲基化敏感扩增多态性技术在转基因植物毒性分析的应用，具体提供了一种转基因植物非预期毒性的分析预测方法，其检测方法为：1、获得转基因植株甲基化敏感多态性差异片段；2、转基因植株甲基化差异DNA片段的回收、克隆及测序；3、利用转基因植株甲基化差异DNA片段分析转基因植株的非预期毒性。本发明将甲基化敏感扩增多态性技术用于分析转基因植物的非预期毒性，建立了分析转基因植株中是否具有非预期毒性的技术体系，有助于转基因植株的监测和推广应用，具有重要的经济效益和社会效益。

摘要： 本发明公开一种保守序列扩增多态性分子标记及其分析方法，是根据表达序列标签EST和内含子的保守序列设计引物的PCR扩增产物，通过PCR、聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分析检测而得到DNA多态性。本发明所提供的保守序列扩增多态性分子标记技术具有经济简便、模板需要量少、产量中等、重复性高、结果可靠等优点，可研究植物、动物、人类以及微生物的遗传多态性、种质资源、亲缘关系和分子标记辅助选择育种等许多方面，是一种可广泛应用的普适技术。

摘要： 本发明涉及一种半定量表达序列标签扩增多态性的分子标记及其分析方法，是根据目标表达序列标签设计固定引物，以CACGC为核心序列设计随机引物，通过RT-PCR(反转录聚合酶链式反应)而得到特定表达序列标签多态性。本发明通过引物设计，保留了最新创立的分子标记SRAP和TRAP技术的优点，克服了他们的缺陷，除具备操作简便、产量中等、条带易于分离及可测序，不需使用同位素等优点之外，还具有半定量的特点。可用于研究植物、动物、人类以及微生物的遗传多态性分析、种质资源鉴定、基因定位、亲缘关系分析和分子标记辅助选择育种等。

摘要： 本发明涉及通过随机扩增多态性DNA技术对三种不同来源地的仿刺参进行快速鉴定、区分的方法。本发明提供实现上述方法的对仿刺参进行RAPD扩增的引物、含有所述引物的试剂盒，还涉及一种快速检测仿刺参来源地的随机扩增多态性DNA方法，通过提取待测样品的DNA模板，通过如SEQ？No.1所示的引物D20为随机引物进行PCR反应，然后对PCR反应产物进行电泳检测。本发明通过RAPD技术实现仿刺参来源地的快速检测，克服了现有技术鉴定仿刺参时存在的成本高、费时长等缺点。本发明只需进行一次PCR反应和一次琼脂糖凝胶电泳即能分辨大连、威海、烟台的仿刺参，具有低成本、灵敏度高的优点。

摘要： 本发明涉及一种基因组随机扩增序列SNP多态性及甲基化多态性的方法，是选取目标物种提取DNA后选择酶切位点进行酶切；设计连接接头、标签，合成带有选择标签的EcoR I酶切位点接头；分别用EcoR I与Msp I、EcoR I与HpaⅡ对样本进行酶切，再将带有选择标签的EcoR I酶切位点接头用T4连接酶与分别对应酶切好的基因组进行连接，同时分别连接上酶切位点接头；进行PCR扩增，选择高通量的Hiseq2000双端对PCR扩增产物进行混合测序。本发明利用现代高通量测序技术，通过对基因组进行降维，提高组装准确性，降低成本，提高分子育种效率，为现在分子育种提供一个高效、便利的SNP发现与甲基化多态性为一体的方法。

摘要： 本发明公开了一种利用甲基化敏感扩增多态性（MSAP）技术筛选白棉子叶衰老相关基因的方法。其步骤如下：待棉花幼苗长至10d左右，两片子叶完全展开后，选取长势一致的幼苗，分别用300、500和700mg·L-1的乙烯利涂抹子叶，同时对照用蒸馏水涂抹，经过乙烯利处理5d后，提取子叶的基因组DNA；再通过MSAP分析，对回收的差异条带纯化和测序继而进行功能分析。本发明利用MSAP技术，分析棉花子叶经乙烯利处理后CCGG位点胞嘧啶甲基化水平和模式的变化，进而分离乙烯利诱导的甲基化差异片段，以期从基因组水平上揭示乙烯利调控棉花衰老的调控机制提供理论依据。

摘要： 本发明公开了一种外显子保守序列扩增多态性分子标记及其分析方法，能利用己知物种的公用数据库中的mRNA序列信息，找出基因外显子的5碱基寡聚核苷酸保守序列，以这个保守序列为核心，在其3’端连接6碱基随机序列构成11碱基序列，与5’端的固定序列共同组成20bp的引物。通过mRNA数据库初步筛选出11碱基序列出现频率较高的引物，再用PCR对其进行重复性筛选，得到作为基于FCR的外显子保守序列扩增多态性标记。本方法操作简便、有效、重复性好、减少引物筛选的时间和成本。这是遗传多样性分析的一种新的、有效的分子标记方法。可广泛应用于遗传图谱构建、基因或QTL定位、标记辅助育种、遗传多样性分析、基因组研究和mRNA表达差异分析等多种领域，应用前景广阔。