体细胞突变

摘要： 目的:外显子测序联合体细胞突变检测发现新的汗孔角化症致病基因突变。方法:收集前期实验在已知基因上通过目标区域测序未发现突变的29例汗孔角化症患者的外周血DNA进行全外显子测序,并提取体细胞DNA进行Sanger测序。结果:通过全外显子测序,在3例患者外周血DNA中检出剪切位点突变,包含1个MVK基因上的新突变位点。通过Sanger测序在5例患者的体细胞DNA中检出突变。结论:本研究发现了3个剪切位点突变,其中1个为新发突变,发现了5例单纯体细胞突变,丰富了汗孔角化症基因突变谱和突变形式,未发现新的突变基因。

摘要： 鲜红斑痣是一种体细胞基因突变疾病,这种突变可改变正常血管内皮细胞的功能,导致血管畸形。在大部分鲜红斑痣/Sturge-Weber综合征患者中存在鸟嘌呤核苷酸结合蛋白q多肽(GNAQ)基因体细胞突变位点,且突变与部分临床表现密切相关。推测GNAQ基因突变可作为早期鲜红斑痣的预测因子指导早期干预治疗。RAS p21蛋白激活因子1(RASA1)的体细胞“二次突变”与鲜红斑痣伴发综合征毛细血管-动静脉畸形的发病有关。基因突变引起下游通路中的促分裂原活化的蛋白激酶(MAPK)、磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)等蛋白激酶活化,参与鲜红斑痣发生的不同阶段。深入研究鲜红斑痣相关GNAQ基因、RASA1基因和MAPK、PI3K等可为其早期诊断及分子治疗提供理论依据。

摘要： 目的使用人实体瘤多基因突变联合检测试剂盒,对国家参考品进行同源重组修复基因(HRR)检测,评价试剂盒的HRR检测能力。方法使用超声打断仪将参考品基因组DNA打断到180~220 bp。将片段化DNA进行末端修复、加接头和PCR扩增等步骤后制备预文库;然后杂交捕获后获得终文库;最后使用NextSeq550Dx测序仪进行测序。结果国家参考品标示的BRCA基因突变位点以及突变的外显子位置均能准确检出,而且没有检出其他非标示的致病性或疑似致病性突变位点。试剂盒虽然对部分BRCA基因突变位点的解读结果与标示的解读结果有差异,但是解读结果也符合国家参考品的准确性要求。试剂盒未对其他的HRR基因突变进行解读。结论HRR检测对BRCA基因突变按照BRCA基因解读规则进行解读,对其他的HRR基因突变的解读结果需要制定相应的解读规则。

摘要： 目的探索二代基因测序技术(next-generation sequencing,NGS)在胃癌病理临床分析中的应用价值。方法选取西安大兴医院病理科2019—2020年术前均未经治疗的胃腺癌样本15例,分别进行苏木精-伊红染色(hematoxylin-eosin staining,HE)、免疫组化染色、NGS检测,探索NGS在胃癌病理临床分析中的应用价值,并进行文献复习。结果免疫组化染色结果发现1例错配修复(mismatch repair,MMR)蛋白表达缺失,同时伴有原癌基因人类表皮生长因子受体2(human epidermal growth factor receptor-2,HER2)强表达,与NGS检测结果一致。NGS检测发现1例罕见的BRIP1胚系突变,同时发现高频体细胞突变亚型包括TP53(11/15,62.5%)、MUC6(4/15,26.7%)、MUC16(4/15,26.7%)、CRP1B(4/15,26.7%)、PIK3CA(3/15,20%)等,另外在具有胃癌遗传特征的3例患者中发现TP53、CDH1、CDH9、MUC6和MUC16等体细胞突变。随访15例患者,11例无病生存,4例死亡。结论二代基因测序技术能同时、高效筛查出胃癌中多种基因、多位点或不同方式的基因突变,为胃癌的临床诊疗提供实验室依据。

摘要： 目前心血管疾病仍然是引起全球死亡的主要原因,但是传统的心血管疾病危险因素并不能完全预测心血管疾病。越来越多的证据表明,特别是在老年人群中,可能存在未知的心血管疾病危险因素。体细胞DNA突变的大量积累是衰老的标志,它促进肿瘤的发生已经得到深入研究,但它与心血管疾病或其他与年龄相关疾病的相关性很大程度上尚未阐明。本文综述了体细胞突变可能作为新的心血管疾病危险因素以及心血管事件的潜在驱动因素。深入地了解体细胞突变的调节机制对于靶向特定突变基因,用于诊断和预防心血管疾病,实现对心血管疾病的个体化精准诊疗具有重要意义。

摘要： 再生障碍性贫血(AA)与骨髓增生异常综合征(MDS)都是造血干细胞(HSC)异常的克隆性疾病,两者有时难以区分。随着分子检测技术的进步,人们对两者发病机制的认识也在不断深入。本文将综述AA体细胞突变(SM)与细胞遗传学改变特点,分析其与MDS的分子联系以及在疾病转化中的作用。AA中最常见的体细胞性改变是PIGA和人类白细胞抗原(HLA)等位基因的缺失,它们及8三体、del(13q)与AA免疫发病机制相关。AA最常见的5个突变中,PIGA和BCOR/BCORL1突变预后更好,而DNMT3A和ASXL1突变与克隆演变和预后不良相关。AA继发MDS的危险因素包括预后不良的SM和细胞遗传学改变[如del(7q)]、疾病持续时间较长、AA发病年龄、端粒磨损等。因SM动态变化及意义未确定,其在疾病进展中的意义仍不明,但监测SM并结合临床评估预后仍可能指导治疗。

摘要： 肿瘤突变负荷(TMB)定义为肿瘤基因组编码区体细胞突变的总数,从几个到成千上万,差别较大。作为免疫检查点抑制剂(ICI)可能的生物标志物,TMB可确定肿瘤中新抗原的数量,但检测尚未标准化。ICI如PD-L1表达和微卫星不稳定性(MSI)的检测是癌症治疗的重大突破,但其活性因肿瘤类型而异,若干因素包括抗肿瘤调节免疫反应复杂机制,可导致偏差,需对符合治疗条件的患者进行分层。2019年4月~5月,国际病理质量联盟(IQN Path)启动调查,通过支持机构外部质量评估(EQA)试点方案,对当前TMB检测的实际情况进行评价。结果显示,在7家不同EQA提供商参与的127个实验项目中,69个(54.3%)将TMB用于研究和(或)临床应用;50个(72.5%)用于靶向测序。

摘要： 细胞会终生获得突变,这一过程已知会引发癌症,并被认为会促进衰老。但对于人类以外物种的突变积累速度,以及这一速度如何受到生物学特征如寿命或体型的影响,我们所知甚少。Alex Cagan、Adrian Baez-Ortega和同事对此进行了研究。

摘要： 体细胞突变随着机体衰老而不断积累,进而驱动癌症的发生发展,而慢性炎症、诱变剂暴露等因素则大大加速该过程。描绘并理解非癌组织细胞如何累积和选择这些突变,对于认识癌症的发生发展过程至关重要,但目前人们在这方面的认识仍非常有限。借助近年来快速发展的高通量高深度二代测序技术,人们得以逐渐清晰地认识非癌组织细胞中的突变累积及克隆演进动力学。非癌组织细胞中的突变具有广泛性、克隆性、选择性,既有可能影响肿瘤发生,也有部分突变利于组织修复及再生。这些研究成果加深了人们对非癌组织细胞突变导致组织稳态失衡及肿瘤发生的认识,为探究癌症的起源提供了新的方向和思路。在此,本文对更新活跃、易于突变累积的消化系统器官(食管、结直肠、肝脏组织)在本领域的研究进展进行综述,以丰富本问题的认知。

摘要： 不同于由遗传获得的生殖系突变,体细胞突变是受精卵形成后在细胞中新出现的突变。体细胞突变由多种内外源刺激引起,并受到微环境、基因功能、个体发育时序等因素影响,具有发生于生命周期各个阶段,随机性和多样性的特点。体细胞突变在肿瘤发生中的作用已得到公认,而近年来发生于免疫细胞的体细胞突变引发的免疫相关疾病开始受到人们的关注。本文回顾了体细胞突变发生的分子机制,及其引发自身炎症与免疫性疾病的研究进展,旨在强调体细胞突变在基因功能异常相关疾病发生、诊断和治疗中的意义。

摘要： 近年来基因组学技术的进展不仅发现了新的体细胞突变,而且使更深入地了解到克隆的多样性.这些发现不仅改变了对骨髓衰竭疾病发生机制的理解,还改变了诊疗策略.基因组学的临床应用包括优化现有预后模式,对治疗的敏感性和耐药性的预测,靶向治疗的概念化和选择性应用.除此之外,基因组学技术揭示了复杂的多层克隆构架,并用之解释白血病发生和干细胞生物学.除了典型的骨髓增生异常综合征(MDS),各种克隆性突变在再障(AA)和阵发性睡眠性血红蛋白尿(PNH)疾病过程中的发现,形成了一种新的致病理念,并且将再障和克隆性合并症建立了新的联系.将源突变和亚克隆突变,线性和分支克隆演变,以及个体化突变(扩展的,持续的,消失的)区分开来,能更好地预测它们对个体的生物学影响.作为克隆性标志,突变可以用于监测干细胞在生理性衰老、疾病过程、白血病演变中发生的克隆动态变化.

摘要： 朗格汉斯细胞组织细胞增多症(LCH)、幼年黄色肉芽肿(JXG)以及Erdheim-Chester病(ECD)均为临床表现多样的组织细胞疾病.至今为止,关于此类疾病的发病机制仍争论不断,特别是组织细胞疾病属于反应性疾病还是肿瘤性疾病这一问题.由于组织样本较少,以及伴有不同类型病理性组织细胞浸润的病变异质性,使得基因组的研究较为困难.全外显子测序发现,和其他肿瘤性疾病相比,LCH、JXG以及ECD的体细胞突变比例很低.但是,至少在LCH和ECD中都发现了高频率的MAPK信号通路基因突变,其中最主要的是LCH中的BRAF-V600E、MAP2K1以及ECD中的NRAS突变.PI3K通路基因PIK3CA基因的重现性突变也曾在ECD中有所报道.MAPK突变(和其他通路修饰信号)在髓细胞分化不同阶段的激活都会造成这类疾病多样化的临床表现.该模型将LCH、JXG和ECD重新定义为一组有着共同发病机制的临床异质性的髓系肿瘤性疾病.该模型也有助于依据特异突变和细胞来源为这些疾病制定个体化的治疗策略.

摘要： 回顾MDS患者诊断时体细胞突变检查对于标准治疗反应的预测作用。高危原发性MDS的最佳治疗方案及时机仍需进一步研究。目前临床预后评分系统没有结合可能预测HMAs治疗反应的分子遗传学异常，包括组蛋白／染色质修饰基因和DNA甲基化基因。本文提到的病例中患者初步治疗是地西他滨10天，患者获得完全缓解，此后进行了造血干细胞移植。临床因素，细胞遗传学和分子突变的相互作用还不清楚，但是在这一病例中，t(3;21)对预后不良影响可能被TET2突变和HMA治疗所抵消。文献复习没有发现能预测耐药的分子突变，但是TET2突变伴高变异等位基因频率的患者治疗反应可能更好。根据现有证据，得出结论，目前根据重现性体细胞突变不足以作出诱导化疗或HMAs的治疗选择。治疗反应和生存期的不同还没有在随机对照试验中得到证实。在高危MDS RAEB-2患者中，基于分子遗传学突变选择去甲基化药物治疗而不是诱导化疗的推荐级别是2C，根据相关治疗毒性较小以及携带TET2突变使治疗反应率增加。还需要前瞻性临床研究来评估去甲基化治疗的长期影响，特别是对TET2突变患者。

摘要： 目的：大多数NSCLC患者在治疗过程中会发生复发,转移及耐药,目前认为与肿瘤内异质性有关.本研究选择具有已知致病基因TP53突变的NSCLC患者进行了肿瘤内异质性的研究. 方法：对12例携带TP53突变的病人其进行全基因组或全外显子组的测序,通过生物信息学分析,获得显著性突变的基因.然后对12例肿瘤组织进行显微切割得到61个切割部位,分别对每个显著性突变基因的位点进行多重PCR扩增,并使用二代测序仪测序,得到同一位点在不同切割部位的杂合度(VAF,variant allele frequency)信息,并进一步做进化树和分层集簇分析. 结果：1.对12例全基因组或全外显子组测序的样本,共筛选出223个显著突变基因上367个突变位点;2.对61个显微切割组织进行367个位点区域靶向扩增并进行深度测序后,发现不同的显著突变基因在同一病人的不同切割部位的VAF不同;3.从进化树图发现,大部分的突变是branch突变(trunk突变比例0～66.7％,平均22.4％);4.通过对TP53的VAF分析,提示TP53突变在病人中除了早期,也可以是晚期发生的分子事件,且其发生的时间早晚和突变类型间无必然关系. 结论：1.发现非小细胞肺癌病人中致病基因的突变普遍存在肿瘤内的异质性;2.发现了包括TP53在内的致病基因的突变并不一定发生在肺癌发生和进展的早期.

摘要： 骨髓增生异常综合征(MDSs)是一组异质性克隆性造血肿瘤,包括髓系肿瘤一大部分亚型,是最常见的成人获得性骨髓衰竭综合征.目前,只有3种药物被美国食品药品管理局(FDA)批准用来治疗MDS:阿杂胞苷,地西他滨和来那度胺.在过去的9年中,新药取得的成功就是来那度胺获批于2006年,是FDA最后批准治疗MDS的药物.MDS作为一组疾病具有很大的异质性可能导致这一进展缓慢的原因,但是最近MDS分子特点方面取得的进展提高了诊断的精确性,对发病机制有更深入了解,以及提高了对疾病的预后判断.随着这些进展出现,未来恰当的选择治疗方案或靶向治疗药物或许能够提高患者治疗效果.本文的学习目的是描述MDS患者体细胞突变的最新进展以及突变对诊断和预后的意义，解释目前对FDA批准治疗MDS药物的应用以及去甲基药物治疗失败后的选择，讨论临床实验中治疗MDS的新药。

摘要： 血液系统恶性肿瘤基因组的研究证实了一些可复现的体细胞突可以导致急性髓细胞性白血病(AML)的发生和发展,并影响其对分子靶向治疗的敏感性.大多数这类遗传事件都是发生在DNA序列上的小的、位点特定的基因突变.超过三分之二的原发性AML患者可检测到表观遗传修饰相关的突变.表观遗传修饰蛋白包括一大类可对DNA胞嘧啶残基进行修饰或引起组蛋白翻译后甲基化或乙酰化修饰的蛋白.这些表观遗传学的改变将影响基因激活与抑制之间的生理平衡,并AML中进行异常的基因表达的调控.本文将对AML中的表观遗传修饰突变及它的临床意义作一概述,并将阐述其生物学功能是如何使其可能成为治疗的新的特异性靶点的,以及其中一些已进入临床试验的新的靶点的情况进行阐述.学习完这部分内容后,参与者应该:了解AML表观遗传修饰中最常见的体细胞突变.

摘要： 急性髓系白血病是成人最常见的急性白血病,大多数病人死于疾病复发.尽管过去的40年来已经找到多个与AML相关的发病基因,但是近来在基因组范围及候补基因领域的研究已经证明在AML患者的生物学特性、临床以及治疗重要性方面有重复出现的体细胞突变存在.鉴于此,我们回顾了当前对于AML的分子机制的研究进展,讨论了突变分析如何对AML预后产生影响并提示治疗方式的选择.我们也回顾了当前临床模式下转基因研究面临的巨大挑战和紧迫任务.

摘要： 近五十年来癌变的体细胞突变理论占主导地位，这也是本学会的重要理论基础，该理论认为癌变是体细胞突变积累的结果。本文介绍了不符合体细胞突变理论的实验事实，分析了癌干细胞理论和癌变的遗传学机制，浅谈了致癌剂的分类及其风险评价。

摘要： 半个世纪以来,尤其是近20多年,肿瘤学的基础和临床研究取得了巨大进展.肿瘤分子生物学研究从基因和分子水平阐明肿瘤的发生发展规律,揭示了肿瘤细胞与正常细胞之间的差异,认识到大多数肿瘤是体细胞突变导致后天获得的遗传性疾病,对癌症本质是一种遗传性疾病(Cancerisageneticdisease)的认识已渗入到临床肿瘤学的各个方面,在肿瘤的分类、诊断和治疗中许多观念发生了重大变化.世界卫生组织在新世纪初出版的肿瘤WHO分类系列丛书,在肿瘤分类和诊断上反映了这些观念的变化.WHO新分类与上世纪60年代和80年代出版的WHO分类有显著的区别,在学习和掌握肿瘤的WHO新分类时,必须抛弃一些陈旧的观念,用新的观念来了解新分类的特点,提高肿瘤病理诊断和研究水平.以下就肿瘤WHO新分类谈一些粗浅的认识.

摘要： 本申请涉及用于区分体细胞突变和种系突变的方法：获取源自受试者样本的至少一个突变位点；获取野生型支持片段和突变型支持片段；所述野生型支持片段为包含野生型碱基序列的cfDNA片段，所述突变型支持片段为包含突变型碱基序列的cfDNA片段，所述野生型碱基序列与人类参考基因组在所述突变位点的对应位置处的核苷酸序列相比序列相同，所述突变型碱基序列则不同；获取至少一个长度的所述野生型支持片段的数量，获取对应的相同长度的所述突变型支持片段的数量，计算相同长度的两者与对应支持片段的总数的比值的差值；将该差值作为区分的指标。提供用以从cfDNA中识别ctDNA的方法及装置。该方法用于肿瘤家系管理、TMB检测。

摘要： 本发明公布了一种检测肿瘤单细胞体细胞突变的方法。该方法结合肿瘤单细胞的群体多态性位点信息以及基因组拷贝数变化信息分析，充分考虑到单细胞扩增技术可能引入的随机碱基替换及相应基因组扩增和测序技术可能引入的系统性偏差，提高了体细胞突变检测的准确率，对肿瘤基因组的异质性描述以及肿瘤基因组演化信息有着重要的意义。

摘要： 本发明创造提供了一种单细胞外显子测序肿瘤体细胞突变检测及分析平台，包括假阳性分析模块、等位基因丢失率分析模块、过滤体细胞突变模块和体细胞突变筛选模块、单细胞异质性分析模块；所述假阳性分析模块、等位基因丢失率分析模块与过滤筛选体细胞突变模块连接，所述过滤筛选体细胞突变模块与所述单细胞异质性分析模块连接。本发明通过对单细胞突变位点假阳性率、等位基因丢失率的计算，过滤肿瘤中的体细胞突变，并分析单细胞之间的异质性，本发明根据单细胞基因组突变的假阳性情况论证测序结果的可靠性，能够检测单细胞实验技术的可靠性，能够对后续结果进行多功能分析。

摘要： 本发明提供了一种单细胞外显子测序肿瘤体细胞突变检测方法，包括如下步骤，(1)计算单细胞基因组突变的假阳性率；(2)计算在单细胞样本测序中的等位基因丢失率；(3)挖掘体细胞突变，过滤体细胞突变；(4)分析单细胞间的异质性。本发明通过对单细胞突变位点假阳性率、等位基因丢失率的计算，过滤肿瘤中的体细胞突变，并分析单细胞之间的异质性，本发明根据单细胞基因组突变的假阳性情况论证测序结果的可靠性，能够检测单细胞实验技术的可靠性，能够对后续结果进行多功能分析。

摘要： 本申请涉及用于区分体细胞突变和种系突变的方法：获取源自受试者样本的至少一个突变位点；获取野生型支持片段和突变型支持片段；所述野生型支持片段为包含野生型碱基序列的cfDNA片段，所述突变型支持片段为包含突变型碱基序列的cfDNA片段，所述野生型碱基序列与人类参考基因组在所述突变位点的对应位置处的核苷酸序列相比序列相同，所述突变型碱基序列则不同；获取至少一个长度的所述野生型支持片段的数量，获取对应的相同长度的所述突变型支持片段的数量，计算相同长度的两者与对应支持片段的总数的比值的差值；将该差值作为区分的指标。提供用以从cfDNA中识别ctDNA的方法及装置。该方法用于肿瘤家系管理、TMB检测。

摘要： 本申请涉及用于区分体细胞突变和种系突变的方法：获取源自受试者样本的至少一个突变位点；获取野生型支持片段和突变型支持片段；所述野生型支持片段为包含野生型碱基序列的cfDNA片段，所述突变型支持片段为包含突变型碱基序列的cfDNA片段，所述野生型碱基序列与人类参考基因组在所述突变位点的对应位置处的核苷酸序列相比序列相同，所述突变型碱基序列则不同；获取至少一个长度的所述野生型支持片段的数量，获取对应的相同长度的所述突变型支持片段的数量，计算相同长度的两者与对应支持片段的总数的比值的差值；将该差值作为区分的指标。提供用以从cfDNA中识别ctDNA的方法及装置。该方法用于肿瘤家系管理、TMB检测。

摘要： 本发明公布了一种检测肿瘤单细胞体细胞突变的方法。该方法结合肿瘤单细胞的群体多态性位点信息以及基因组拷贝数变化信息分析，充分考虑到单细胞扩增技术可能引入的随机碱基替换及相应基因组扩增和测序技术可能引入的系统性偏差，提高了体细胞突变检测的准确率，对肿瘤基因组的异质性描述以及肿瘤基因组演化信息有着重要的意义。

摘要： 本发明创造提供了一种单细胞外显子测序肿瘤体细胞突变检测及分析平台，包括假阳性分析模块、等位基因丢失率分析模块、过滤体细胞突变模块和体细胞突变筛选模块、单细胞异质性分析模块；所述假阳性分析模块、等位基因丢失率分析模块与过滤筛选体细胞突变模块连接，所述过滤筛选体细胞突变模块与所述单细胞异质性分析模块连接。本发明通过对单细胞突变位点假阳性率、等位基因丢失率的计算，过滤肿瘤中的体细胞突变，并分析单细胞之间的异质性，本发明根据单细胞基因组突变的假阳性情况论证测序结果的可靠性，能够检测单细胞实验技术的可靠性，能够对后续结果进行多功能分析。

摘要： 本发明提供了一种单细胞外显子测序肿瘤体细胞突变检测方法，包括如下步骤，(1)计算单细胞基因组突变的假阳性率；(2)计算在单细胞样本测序中的等位基因丢失率；(3)挖掘体细胞突变，过滤体细胞突变；(4)分析单细胞间的异质性。本发明通过对单细胞突变位点假阳性率、等位基因丢失率的计算，过滤肿瘤中的体细胞突变，并分析单细胞之间的异质性，本发明根据单细胞基因组突变的假阳性情况论证测序结果的可靠性，能够检测单细胞实验技术的可靠性，能够对后续结果进行多功能分析。

摘要： 本发明是一种癌症体细胞突变功能影响预测方法。本发明构建综合的突变特征集，将不同种群的突变频率整合在一起；基于多物种的突变位点进行保守性估计，估计这些突变为有害突变的概率；基于基因产物互作的突变网络特征构建，完成突变网络特征构建；构建基于多重采样和层次结构的深度随机森林预测模型，对癌症体细胞突变做出功能预测。