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HCV IRES特异性抑制性RNA结构模拟及在体外对病毒翻译启动的抑制作用

         

摘要

目的 计算机模拟IRNA二级结构,研究HCV IRES特异性抑制性RNA对HCV IRES介导蛋白翻译的体外抑制作用。方法 应用计算机软件模拟IRNA二级结构;体外化学合成IRNA及其互补体的cDNA,以Aat Ⅱ和Xba Ⅰ双酶切后克隆入具有自剪切作用的顺式核酸载体pGEMRz中;应用酶切方法、PCR方法和测序法对重组载体进行三重鉴定。最后应用含HCV IRES的双顺反子构建体pT7DC1-341和单顺反子构建体pCMVNCR1uc对重组体的体外转录体RNA及其互补体IRNA(cIRNA)在体外无细胞反应体系中的抑制活性进行了初步研究。结果 计算机模拟发现HCV IRES特异性IRNA二级结构包括2个环、1个茎和1个大的膨出,cIRNA具有相似的结构;在IRNA一级序列两端加3-5个碱基不会改变其二级结构,而缺失3-5个碱基却会明显改变其结构。IRNA和cIRNA在体外无细胞翻译体系中对HCV IRES介质蛋白翻译具有相似的抑制活性。结论 本研究构建转录载体pGRz-IRNA可保证IR-NA结构正确性,IRNA及cIRNA在体外对HCV IRES介导蛋白翻译具有相似的抑制活性。

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