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基于RNA-seq技术的奥利亚罗非鱼转录组SSR位点信息分析

         

摘要

为了开发奥利亚罗非鱼有关耐盐性的分子标记,采用二代测序RNA-seq方法,挖掘奥利亚罗非鱼的微卫星标记.结果显示,拼接组装获得了71009条Unigenes,并在所有序列中共发现了10875个SSR位点,含有位点序列的数量为8315条,占总序列的11.71%.奥利亚罗非鱼转录组中SSR位点类型较为丰富,共识别到5种不同核苷酸重复类型和126种不同重复基序.其中,二核苷酸串联重复单元类型的含量最多(5779个),占总位点数的53.14%;而在二核苷酸重复类型中AC/GT基序类型出现频率最高(3954个,占36.36%).此外,SSR位点以6次重复次数为主(3048个),占总位点数的27.77%;SSR位点序列长度分布于12~254 bp,其中具有高度多态性位点3480个(占比29.14%),中等多态性位点8462个(占比70.86%).

著录项

  • 来源
    《河南农业科学》 |2020年第11期|147-152|共6页
  • 作者单位

    广西壮族自治区水产科学研究院 / 广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室 / 广西水产良种南繁基地 广西 南宁 530021;

    广西壮族自治区水产科学研究院 / 广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室 / 广西水产良种南繁基地 广西 南宁 530021;

    广西壮族自治区水产科学研究院 / 广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室 / 广西水产良种南繁基地 广西 南宁 530021;

    广西壮族自治区水产科学研究院 / 广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室 / 广西水产良种南繁基地 广西 南宁 530021;

    广西壮族自治区水产科学研究院 / 广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室 / 广西水产良种南繁基地 广西 南宁 530021;

    广西壮族自治区水产科学研究院 / 广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室 / 广西水产良种南繁基地 广西 南宁 530021;

    广西钦州农业学校 广西 钦州 535000;

    广西壮族自治区水产科学研究院 / 广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室 / 广西水产良种南繁基地 广西 南宁 530021;

    广西壮族自治区水产科学研究院 / 广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室 / 广西水产良种南繁基地 广西 南宁 530021;

    广西壮族自治区水产科学研究院 / 广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室 / 广西水产良种南繁基地 广西 南宁 530021;

    广西壮族自治区水产科学研究院 / 广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室 / 广西水产良种南繁基地 广西 南宁 530021;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 水产动物学;
  • 关键词

    奥利亚罗非鱼; 转录组; 多态性; SSR位点信息; RNA-seq;

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