La sélection des pondeuses commerciales repose sur un ensemble de critères où les paramètres de qualité de l'aeuf prennent une importance croissante. Les caractères tels que le poids de l'aeuf, la solidité de coquille (mesurée directement ou indirectement) la proportion de jaune et la qualité du blanc (unités Haugh) présentent une assez forte variabilité génétique (héritabilité de 0,30 à 0,60). Malgré une corrélation négative entre le poids d'aeuf et le nombre d'oeufs, la combinaison de la sélection en lignée pure et du croisement a permis d'améliorer le nombre d'aeufs tout en stabilisant le poids d'aeuf à un niveau élevé (62 g en moyenne). La variabilité génétique de la couleur de coquille, de la proportion de jaune etde la composition en lipides du jaune a été explorée, chez la poule comme chez la caille, par la sélection expérimentale et l'étude de races locales. Cependant, les gènes controlant les caractères de ponte et de la qualité technologique de l'aeuf sont encore mal connus. Quelques protocoles de détection de QTL ont permis d'identifier des régions chromosomiques controlant une part significative de la variabilité de ces caractères, chez la poule et la caille. Récemment des gènes majeurs ontété identifiés comme l'enzyme FM03 responsable de l'odeur de poisson d'aeufs de poule nourries au tourteau de soja. De nombreuses études portent sur la la qualité bactériologique des aeufs, avec une priorité donnée au portage de salmonelles, pourlaquelle plusieurs gènes ont été identifiés (SLC11A1, TLR4). Ces perspectives sont encourageantes pour répondre aux demandes croissantes du consommateur en matière de qualité des produits.
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