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Genome contact map explorer: a platform for the comparison, interactive visualization and analysis of genome contact maps

机译：基因组联系地图资源管理器：用于比较，交互式可视化和基因组联系地图分析的平台

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Hi-C experiments generate data in form of large genome contact maps (Hi-C maps). These show that chromosomes are arranged in a hierarchy of three-dimensional compartments. But to understand how these compartments form and by how much they affect genetic processes such as gene regulation, biologists and bioinformaticians need efficient tools to visualize and analyze Hi-C data. However, this is technically challenging because these maps are big. In this paper, we remedied this problem, partly by implementing an efficient file format and developed the genome contact map explorer platform. Apart from tools to process Hi-C data, such as normalization methods and a programmable interface, we made a graphical interface that let users browse, scroll and zoom Hi-C maps to visually search for patterns in the Hi-C data. In the software, it is also possible to browse several maps simultaneously and plot related genomic data. The software is openly accessible to the scientific community.
机译：Hi-C实验以大型基因组联系地图（Hi-C地图）的形式产生数据。 这些表明染色体布置在三维室的层级中。 但要了解这些隔间的形式以及它们如何影响基因调节，生物学家和生物信息管理员等遗传过程需要有效的工具来可视化和分析Hi-C数据。 然而，这在技术上是挑战性，因为这些地图很大。 在本文中，我们会弥补此问题，部分通过实现有效的文件格式并开发了基因组联系地图资源管理器平台。 除了工具处理Hi-C数据，例如归一化方法和可编程接口，我们制作了一个图形界面，让用户浏览，滚动和缩放Hi-C地图，从而在您的Hi-C数据中搜索模式。 在软件中，还可以同时浏览几个地图和绘制相关的基因组数据。 该软件可公开访问科学界。

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