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UNIT 3.9 Finding Protein and Nucleotide Similarities with FASTA

机译：UNIT 3.9查找与FASTA的蛋白质和核苷酸相似性

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The FASTA programs provide a comprehensive set of rapid similarity searching tools (fasta36, fastx36, tfastx36, fasty36, tfasty36), similar to those provided by the BLAST package, as well as programs for slower, optimal, local, and global similarity searches (ssearch36, ggsearch36), and for searching with short peptides and oligonucleotides (fasts36, fastm36). The FASTA programs use an empirical strategy for estimating statistical significance that accommodates a range of similarity scoring matricesand gap penalties, improving alignment boundary accuracy and search sensitivity. The FASTA programs can produce “BLAST-like” alignment and tabular output, for ease of integration into existing analysis pipelines, and can search small, representative databases, and then report results for a larger set of sequences, using links from the smaller dataset. The FASTA programs work with a wide variety of database formats, including mySQL and postgreSQL databases. The programs also provide a strategy for integrating domain and active site annotations into alignments and highlighting the mutational state of functionally critical residues. These protocols describe how to use the FASTA programs to characterize protein and DNA sequences, using protein:protein, protein:DNA, and DNA:DNA comparisons.
机译：FASTA程序提供了一套全面的快速相似性搜索工具（fasta36，fastx36，tfastx36，fasty36，tfasty36），类似于BLAST软件包所提供的工具，还提供了速度较慢，最佳，局部和全局相似性搜索的程序（ssearch36 ，ggsearch36），以及用于搜索短肽和寡核苷酸（fasts36，fastm36）。 FASTA程序使用经验策略来估计统计显着性，该统计显着性适用于一系列相似性评分矩阵和空位罚分，提高了比对边界的准确性和搜索灵敏度。 FASTA程序可以生成“类似于BLAST”的比对和表格输出，以便轻松集成到现有的分析管道中，并且可以搜索较小的代表性数据库，然后使用较小数据集中的链接报告较大序列的结果。 FASTA程序可使用多种数据库格式，包括mySQL和postgreSQL数据库。该程序还提供了一种策略，用于将域和活动位点注释整合到比对中，并突出显示功能关键残基的突变状态。这些协议描述了如何使用FASTA程序通过蛋白质：蛋白质，蛋白质：DNA和DNA：DNA比较来表征蛋白质和DNA序列。

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